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- PDB-2b9u: Crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from su... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b9u
タイトルCrystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from sulfolobus tokodaii
要素hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
キーワードISOMERASE / BETA CLASS / JELLY ROLL-LIKE TOPOLOGY / FLATTENED BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus tokodaii (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Rajakannan, V. / Kondo, K. / Mizushima, T. / Suzuki, A. / Yamane, T.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase from sulfolobus tokodaii
著者: Rajakannan, V. / Kondo, K. / Mizushima, T. / Suzuki, A. / Yamane, T.
履歴
登録2005年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_close_contact
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
C: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
D: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
B: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
E: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
F: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
G: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
H: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
I: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
J: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
K: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
L: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)246,06912
ポリマ－246,06912
非ポリマー00
水31,4721747
1
A: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
C: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0112
ポリマ－41,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15690 Å2
手法PISA
2
D: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
B: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0112
ポリマ－41,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3350 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area15510 Å2
手法PISA
3
E: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
F: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0112
ポリマ－41,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15630 Å2
手法PISA
4
G: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
H: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0112
ポリマ－41,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15550 Å2
手法PISA
5
I: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
J: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0112
ポリマ－41,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area15620 Å2
手法PISA
6
K: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
L: hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,0112
ポリマ－41,0112
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3430 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area15820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.788, 229.495, 74.583
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
hypothetical dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase


分子量: 20505.736 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sulfolobus tokodaii (古細菌) / 株: str. 7 / 遺伝子: ARCHAEA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q96Z62, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1747 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 2.0M Na/K pH 7.1, 34% dioxane, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→50 Å / Num. obs: 150049 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 %
反射 シェル解像度: 2.07→2.14 Å / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DZR

1dzr


解像度: 2.07→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.438 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2571 14935 10 %RANDOM
Rwork0.20313 ---
all0.225 149849 --
obs0.20854 134914 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.442 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20 Å2-0.6 Å2
2---1.09 Å20 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17364 0 0 1747 19111
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02217880
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3811.96224168
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.11252100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.85323.714840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.838153180
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3831596
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.22532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.28388
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.211952
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2940.21753
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.210.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.20.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0151.510980
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.203217352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97237918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8964.56816
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.071→2.124 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 1047 -
Rwork0.237 9575 -
obs--96.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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