PDB-2b9d: Crystal Structure of HPV E7 CR3 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b9d

タイトル

Crystal Structure of HPV E7 CR3 domain

要素

E7 protein

キーワード

transcription / viral protein / Zinc Finger / Homodimer

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / DNA-templated transcription / host cell nucleus / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Human papillomavirus type 1a (パピローマウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Liu, X. / Clements, A. / Zhao, K. / Marmorstein, R.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Structure of the human Papillomavirus E7 oncoprotein and its mechanism for inactivation of the retinoblastoma tumor suppressor.
著者: Liu, X. / Clements, A. / Zhao, K. / Marmorstein, R.

履歴

登録	2005年10月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b9d.cif.gz	36.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b9d.ent.gz	24.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b9d.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b9d_validation.pdf.gz	421.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b9d_full_validation.pdf.gz	424.7 KB	表示
XML形式データ	2b9d_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	2b9d_validation.cif.gz	9.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b9d	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3pmi-4 1ygm-d 1o0p-d 3mm4-d 2inb-d 6z0w-4 1b4t-d 6kmb-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#87 - 2007年3月ジンクフィンガー (Zinc Fingers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: E7 protein

B: E7 protein

ヘテロ分子

12 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: E7 protein

ヘテロ分子

A: E7 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: E7 protein

ヘテロ分子

B: E7 protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
12 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	33.908, 44.935, 58.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1036- HOH
2	1	A-1050- HOH

詳細

Each Asymmetric unit contains two subunits, and the biological homodimer is formed by two subunits from different asymmetric unit

#1: タンパク質	E7 protein 分子量: 5927.104 Da / 分子数: 2 / 断片: CR3 Domain (residues 44-93) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Human papillomavirus type 1a (パピローマウイルス) 属: Mupapillomavirus / 生物種: Human papillomavirus - 1 / プラスミド: pRSET-A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P06465
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.5 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	93	1
2	93	1
3		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-ID	1	1.28
シンクロトロン	APS	19-ID	2	1.2832, 1.2836, 1.2800

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
CUSTOM-MADE	1	CCD	2003年6月11日
CUSTOM-MADE	2	CCD	2003年6月11日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.28	1
2	1.2832	1
3	1.2836	1

Reflection

ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	D res low (Å)	% possible obs
1	7392	0.047	1.064	2.32	50	97.5
2	7369	0.049	1.021	2.32	50	98.3
3	7472	0.053	0.975	2.31	50	96.3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
5	50	94.9	1	0.046	1.038
3.97	5	99.7	1	0.04	1.115
3.47	3.97	99.9	1	0.04	1.011
3.15	3.47	99.6	1	0.044	1.079
2.92	3.15	99.7	1	0.048	1.138
2.75	2.92	99.3	1	0.056	1.116
2.61	2.75	99.2	1	0.065	1.03
2.5	2.61	99.7	1	0.072	1.031
2.4	2.5	98	1	0.081	1.004
2.32	2.4	85.6	1	0.088	1.078
5	50	95.4	2	0.046	1.1
3.97	5	99.6	2	0.039	0.966
3.47	3.97	99.9	2	0.039	1.079
3.15	3.47	99.6	2	0.044	1.116
2.92	3.15	99.6	2	0.049	1.038
2.75	2.92	99.3	2	0.061	0.978
2.61	2.75	99.2	2	0.079	0.976
2.5	2.61	99.7	2	0.087	0.968
2.4	2.5	97.7	2	0.101	0.957
2.32	2.4	93.4	2	0.114	1.035
4.98	50	96.2	3	0.047	1.135
3.95	4.98	99.7	3	0.04	0.959
3.45	3.95	99.7	3	0.042	1.055
3.13	3.45	99.7	3	0.048	1.068
2.91	3.13	99.6	3	0.057	0.935
2.74	2.91	99.4	3	0.077	0.886
2.6	2.74	99	3	0.104	0.954
2.49	2.6	98.4	3	0.122	0.883
2.39	2.49	97.1	3	0.14	0.916
2.31	2.39	74.6	3	0.143	0.923

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 12140 / % possible obs: 98.2 % / R_merge(I) obs: 0.08

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID
1.6-1.66	0.335	1,2
1.66-1.72	0.297	1,2
1.72-1.8	0.254	1,2
1.8-1.9	0.197	1,2
1.9-2.02	0.135	1,2
2.02-2.17	0.101	1,2
2.17-2.39	0.081	1,2
2.39-2.74	0.075	1,2
2.74-3.45	0.062	1,2
3.45-50	0.054	1,2

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	1.28	0.8	-6
1	3 wavelength	2	1.2836	2.4	-9.8
1	3 wavelength	3	1.2832	4.4	-8.2

Phasing dm

FOM : 0.73 / FOM acentric: 0.76 / FOM centric: 0.6 / 反射: 3921 / Reflection acentric: 3137 / Reflection centric: 784

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.6-29.462	0.83	0.92	0.71	191	109	82
4.1-6.6	0.87	0.91	0.75	554	397	157
3.3-4.1	0.83	0.86	0.72	647	497	150
2.9-3.3	0.78	0.83	0.58	674	547	127
2.5-2.9	0.67	0.7	0.47	1177	1001	176
2.3-2.5	0.54	0.57	0.35	678	586	92

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.02	位相決定
RESOLVE	2.02	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.6→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.922 / SU B: 2.29 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25232	1188	9.8 %	RANDOM
R_work	0.20835	-	-	-
obs	0.21246	10931	98.27 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.918 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.18 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	800	0	2	88	890

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	808
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	788
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.865	1.995	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.578	3	1828
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.705	5	102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.062	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	864
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.235	0.3	178
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.262	0.3	937
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.092	0.5	562
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.255	0.5	88
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.216	0.3	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.311	0.3	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.288	0.5	22
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	7.095	1.5	522
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.997	2	842
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	18.241	3	286
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	26.478	4.5	254
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.601→1.643 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.305	97
R_work	0.242	753

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0488	0.1539	-0.1059	1.4757	0.4471	1.9614	0.1615	-0.0096	0.0297	-0.0755	0.0202	-0.0546	0.0163	0.0174	-0.1817	0.0833	-0.0051	0.0261	0.0163	0.0002	0.0407	19.431	26.529	38.699
2	2.7372	-1.0851	-0.2427	2.9739	-0.3835	1.0801	-0.2179	-0.2986	-0.3084	0.2427	0.2548	0.2289	0.0695	-0.0908	-0.0369	0.0067	0.0065	0.0158	0.086	0.0225	0.0379	14.267	41.408	50.481

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	42 - 93	1 - 52
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	42 - 93	1 - 52

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