+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2b9d | ||||||
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Title | Crystal Structure of HPV E7 CR3 domain | ||||||
Components | E7 protein | ||||||
Keywords | transcription / viral protein / Zinc Finger / Homodimer | ||||||
Function / homology | Function and homology information symbiont-mediated perturbation of host cell cycle G1/S transition checkpoint / host cell cytoplasm / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / DNA-templated transcription / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / DNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Human papillomavirus type 1a | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.6 Å | ||||||
Authors | Liu, X. / Clements, A. / Zhao, K. / Marmorstein, R. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2006 Title: Structure of the human Papillomavirus E7 oncoprotein and its mechanism for inactivation of the retinoblastoma tumor suppressor. Authors: Liu, X. / Clements, A. / Zhao, K. / Marmorstein, R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2b9d.cif.gz | 36.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2b9d.ent.gz | 24.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2b9d.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b9/2b9d | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Details | Each Asymmetric unit contains two subunits, and the biological homodimer is formed by two subunits from different asymmetric unit |
-Components
#1: Protein | Mass: 5927.104 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: CR3 Domain (residues 44-93) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Human papillomavirus type 1a / Genus: Mupapillomavirus / Species: Human papillomavirus - 1 / Plasmid: pRSET-A / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: P06465 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 2 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.9 Å3/Da / Density % sol: 34.5 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection |
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 1.6→50 Å / Num. obs: 12140 / % possible obs: 98.2 % / Rmerge(I) obs: 0.08 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing dm | FOM : 0.73 / FOM acentric: 0.76 / FOM centric: 0.6 / Reflection: 3921 / Reflection acentric: 3137 / Reflection centric: 784 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.6→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 2.29 / SU ML: 0.079 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.12 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 20.918 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.6→50 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.601→1.643 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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