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万見
- PDB-2b86: Solution structure of the first Src homology 3 domain of Nck2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b86
タイトルSolution structure of the first Src homology 3 domain of Nck2
要素Cytoplasmic protein NCK2
キーワードSIGNALING PROTEIN / Nck SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of cortical dendrite branching / regulation of translation initiation in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / immunological synapse formation / dendritic spine development / cytoskeletal anchor activity / signal complex assembly / Activation of RAC1 / Nephrin family interactions ...Regulation of cortical dendrite branching / regulation of translation initiation in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of translation in response to endoplasmic reticulum stress / positive regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / immunological synapse formation / dendritic spine development / cytoskeletal anchor activity / signal complex assembly / Activation of RAC1 / Nephrin family interactions / vesicle membrane / Ephrin signaling / lamellipodium assembly / positive regulation of actin filament polymerization / RHOV GTPase cycle / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / RHOU GTPase cycle / ephrin receptor signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / signaling adaptor activity / phosphotyrosine residue binding / Downstream signal transduction / T cell activation / actin filament organization / receptor tyrosine kinase binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell migration / signaling receptor complex adaptor activity / scaffold protein binding / postsynaptic density / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nck2, SH3 domain 1 / Nck2, SH3 domain 2 / Nck2, SH3 domain 3 / Nck2, SH2 domain / Cytoplasmic protein NCK / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain ...Nck2, SH3 domain 1 / Nck2, SH3 domain 2 / Nck2, SH3 domain 3 / Nck2, SH2 domain / Cytoplasmic protein NCK / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytoplasmic protein NCK2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing tortion angle dynamics
データ登録者Park, S. / Takeuchi, K. / Wagner, G.
引用ジャーナル: J.BIOMOL.NMR / 年: 2006
タイトル: Solution structure of the first SRC homology 3 domain of human nck2
著者: Park, S. / Takeuchi, K. / Wagner, G.
履歴
登録2005年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytoplasmic protein NCK2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2531
ポリマ－8,2531
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Cytoplasmic protein NCK2 / NCK adaptor protein 2 / SH2/SH3 adaptor protein NCK-beta / Nck-2


分子量: 8253.205 Da / 分子数: 1 / 断片: First SH3 domain, residues 1-59 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCK2 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: O43639

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
1313D 13C-separated NOESY
1413D 15N-separated NOESY
NMR実験の詳細Text: cryogenic probes

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試料調製

詳細内容: 600uM Nck SH3 domain U-15N, 13C, 50mM Sodium Phosphate, 50mM EDTA, pH 6.5, 5% D2O, 95% H2O
溶媒系: 5% D2O, 95% H2O
試料状態イオン強度: 50mM phosphate / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian INOVAVarianINOVA5002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.1Brunger構造決定
NMRPipe2.3Delaglio解析
CNS1.1Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing tortion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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