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- PDB-2b82: Crystal structure of AphA class B acid phosphatase/phosphotransfe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b82
タイトルCrystal structure of AphA class B acid phosphatase/phosphotransferase ternary complex with adenosine and phosphate bound to the catalytic metal at 1.2 A resolution
要素class B acid phosphatase
キーワードHYDROLASE / Class B acid phosphatase / DDDD acid phosphatase / metallo-enzyme / AMP
機能・相同性
機能・相同性情報


L-phosphoserine phosphatase activity / acid phosphatase / acid phosphatase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / magnesium ion binding / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
HAD-superfamily phosphatase, subfamily IIIB, AphA / Acid phosphatase, class B-like / HAD superfamily, subfamily IIIB (Acid phosphatase) / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE / PHOSPHATE ION / Class B acid phosphatase / Class B acid phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å
データ登録者Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: A structure-based proposal for the catalytic mechanism of the bacterial acid phosphatase AphA belonging to the DDDD superfamily of phosphohydrolases
著者: Calderone, V. / Forleo, C. / Benvenuti, M. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
#1: ジャーナル: FEMS Microbiol.Lett. / 年: 1997
タイトル: Identification of the gene (aphA) encoding the class B acid phosphatase/phosphotransferase of Escherichia coli MG1655 and characterization of its product
著者: Thaller, M.C. / Schippa, S. / Bonci, A. / Cresti, S. / Rossolini, G.M.
#2: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2003
タイトル: Expression, purification, crystallization and preliminary X-ray characterization of the class B acid phosphatase (AphA) from Escherichia coli
著者: Forleo, C. / Benvenuti, M. / Calderone, V. / Schippa, S. / Docquier, J.D. / Thaller, M.C. / Rossolini, G.M. / Mangani, S.
履歴
登録2005年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2005年11月29日ID: 1RMW
改定 1.02005年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: class B acid phosphatase
B: class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7108
ポリマ－46,9372
非ポリマー7736
水15,421856
1
A: class B acid phosphatase
B: class B acid phosphatase
ヘテロ分子

A: class B acid phosphatase
B: class B acid phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,41916
ポリマ－93,8734
非ポリマー1,54612
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area15680 Å2
ΔGint-141 kcal/mol
Surface area33650 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)90.971, 66.868, 86.120
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 116.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1351-

HOH

21B-1272-

HOH

31B-1343-

HOH

41B-1360-

HOH

詳細The biological assembly is a tetramer, but there is a dimer in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 class B acid phosphatase / E.C.3.1.3.2 / AphA


分子量: 23468.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: aphA, napA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P32697, UniProt: P0AE22*PLUS, acid phosphatase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン


分子量: 267.241 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 856 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: AphA 6mg/mL, 50 mM Na acetate, 25% PEG 6000, 10mM AMP, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.96111 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年12月7日
詳細: channel - cut Si monochromator and cylindrical grazing incidence mirror
放射モノクロメーター: Si (311) and Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96111 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.25→76.71 Å / Num. all: 112327 / Num. obs: 112327 / % possible obs: 88.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 8.827 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 5.1
反射 シェル解像度: 1.25→1.32 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.22 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 10703 / Rsym value: 0.22 / % possible all: 58.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1N8N

1n8n


解像度: 1.25→76.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 1.256 / SU ML: 0.026 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.054 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1885 8072 7.2 %RANDOM
Rwork0.16527 ---
all0.16693 104254 --
obs0.16693 104254 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 13.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.11 Å20 Å20.26 Å2
2--0.07 Å20 Å2
3---0.06 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.026 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.25→76.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3314 0 50 856 4220
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223494
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.9714764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1725420
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.94124.146164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.23115540
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.6891524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2508
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.21795
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22398
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0760.2638
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.281
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.080.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6471.52147
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04323426
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.44631548
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2024.51338
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr0.81333567
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free1.7033858
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded1.61633324
LS精密化 シェル解像度: 1.25→1.282 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.239 351 -
Rwork0.215 4418 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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