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- PDB-2b81: Crystal Structure of the Luciferase-like Monooxygenase from Bacil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b81
タイトルCrystal Structure of the Luciferase-like Monooxygenase from Bacillus cereus
要素Luciferase-like monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity
類似検索 - 分子機能
Luciferase-type oxidoreductase / : / Luciferase-like domain / Luciferase-like domain / Luciferase-like monooxygenase / Luciferase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Luciferase-like monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Kim, Y. / Li, H. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Luciferase-like Monooxygenase from Bacillus cereus
著者: Kim, Y. / Li, H. / Moy, S. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Luciferase-like monooxygenase
B: Luciferase-like monooxygenase
C: Luciferase-like monooxygenase
D: Luciferase-like monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,95553
ポリマ－149,7724
非ポリマー5,18349
水18,8081044
1
A: Luciferase-like monooxygenase
B: Luciferase-like monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,47726
ポリマ－74,8862
非ポリマー2,59124
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9080 Å2
ΔGint-255 kcal/mol
Surface area24090 Å2
手法PISA
2
C: Luciferase-like monooxygenase
D: Luciferase-like monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,47827
ポリマ－74,8862
非ポリマー2,59225
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8640 Å2
ΔGint-274 kcal/mol
Surface area24290 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20240 Å2
ΔGint-549 kcal/mol
Surface area45860 Å2
手法PISA
4
C: Luciferase-like monooxygenase
D: Luciferase-like monooxygenase
ヘテロ分子

A: Luciferase-like monooxygenase
B: Luciferase-like monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,95553
ポリマ－149,7724
非ポリマー5,18349
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x+1/2,-y+1,z+1/21
Buried area19060 Å2
ΔGint-546 kcal/mol
Surface area47040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.466, 159.942, 172.914
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Luciferase-like monooxygenase


分子量: 37442.965 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3
参照: UniProt: Q81B18, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1044 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 82 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: MES, ammonium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年12月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal monochromator, Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→47.81 Å / Num. all: 131796 / Num. obs: 131719 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.766 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 13005 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→47.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 10.252 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.181 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: CNS was also used for the refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21833 13183 10 %RANDOM
Rwork0.18261 ---
all0.18619 118322 --
obs0.18619 118322 99.46 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.23 Å20 Å20 Å2
2--2.99 Å20 Å2
3----0.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10307 0 285 1044 11636
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02211335
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3641.97915457
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.05551369
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.28423.948575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.027151853
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.0951574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.21564
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028882
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.25786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.27653
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.21053
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2560.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1610.212
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7591.56803
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.224210817
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.88135045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8024.54640
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.504→2.569 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.338 915 -
Rwork0.274 8233 -
obs-8233 94.63 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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