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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b7l | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of CTP:Glycerol-3-Phosphate Cytidylyltransferase from Staphylococcus aureus | ||||||
![]() | glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / cytidylyltransferase / Rossmann fold | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase / glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase activity / teichoic acid biosynthetic process / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fong, D.H. / Yim, V.C.-N. / D'Elia, M.A. / Brown, E.D. / Berghuis, A.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of CTP:glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase from Staphylococcus aureus: examination of structural basis for kinetic mechanism. 著者: Fong, D.H. / Yim, V.C.-N. / D'Elia, M.A. / Brown, E.D. / Berghuis, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 386.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 403.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1cozS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15843.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() プラスミド: pKK223 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): W3110 参照: UniProt: O05155, glycerol-3-phosphate cytidylyltransferase |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.9 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 8% ethylene glycol, 3% D(+) glucose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年4月27日 / 詳細: mirror |
放射 | モノクロメーター: Si (111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.072 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. all: 15217 / Num. obs: 15217 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 7 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 70.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 1COZ 解像度: 3→46.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 179059.88 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 40.4364 Å2 / ksol: 0.404294 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.6 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→46.08 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 3→3.19 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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