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- PDB-2b7h: Hemoglobin from Cerdocyon thous, a canidae from Brazil, at 2.2 An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b7h
タイトルHemoglobin from Cerdocyon thous, a canidae from Brazil, at 2.2 Angstroms resolution
要素
  • hemoglobin alpha chain
  • hemoglobin beta chain
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / hemoglobin / aquomet / Cerdocyon thous / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle ...hemoglobin alpha binding / haptoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Dusicyon thous (カニクイイヌ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Esteves, G.F. / Silva, V.C. / Bloch Jr., C. / Medrano, F.J. / Barbosa, J.A.R.G. / Freitas, S.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure and biophysical characterization of the Cerdocyon thous, a Canidae from Brazil.
著者: Esteves, G.F. / Silva, V.C. / Bloch Jr., C. / Medrano, F.J. / Barbosa, J.A.R.G. / Freitas, S.M.
履歴
登録2005年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The sequence of the protein has not been deposited into any sequence database.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hemoglobin alpha chain
B: hemoglobin beta chain
C: hemoglobin alpha chain
D: hemoglobin beta chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,30010
ポリマ－62,6414
非ポリマー2,6586
水7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11120 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area23290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.731, 84.237, 130.285
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The heterotetramer in the asymmetric unit is the biological assembly.

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要素

#1: タンパク質 hemoglobin alpha chain


分子量: 15270.329 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dusicyon thous (カニクイイヌ) / 参照: UniProt: P60523
#2: タンパク質 hemoglobin beta chain


分子量: 16050.394 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Dusicyon thous (カニクイイヌ) / 参照: UniProt: P60526
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 16 % polyethyleneglycol (PEG), 0.1 M Hepes Na, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: D03B-MX1 / 波長: 1.427 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月19日
放射モノクロメーター: Si crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.427 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→40 Å / Num. all: 30219 / Num. obs: 30219 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 26.907 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 29.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 2948 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1FHJ

1fhj


解像度: 2.2→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 10.249 / SU ML: 0.142 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.218 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Simulated annealing was performed with the CNS software in the first cycle or refinement. Used TLS refinement. Tyr 145 from the B and D molecules presented weak density for an alternate ...詳細: Simulated annealing was performed with the CNS software in the first cycle or refinement. Used TLS refinement. Tyr 145 from the B and D molecules presented weak density for an alternate conformation that was not modeled.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23266 1530 5.1 %RANDOM
Rwork0.165 ---
all0.1685 30163 --
obs0.1685 28633 99.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.571 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3---1.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4395 0 182 443 5020
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0224716
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3992.0656468
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5255571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.1324.341182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.43115729
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2231510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2705
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023548
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.23065
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.23314
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2588
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0250.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1510.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1560.215
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7071.52886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.19624576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.04832061
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9964.51884
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 108 -
Rwork0.168 2039 -
obs-2039 99.26 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.08780.03460.08931.26040.21591.4903-0.02420.0197-0.06270.02310.03490.0420.17830.1128-0.0107-0.09760.00920.0074-0.14150.0019-0.1875-14.725-6.8243-4.3671
24.068-0.2974-1.29651.8756-0.15222.25260.0621-0.00770.60780.11590.063-0.05-0.3672-0.2119-0.1251-0.06720.0291-0.0393-0.11020.0067-0.0144-31.65499.3321-0.0934
33.3970.31970.4971.79030.40251.588-0.0199-0.032-0.2864-0.1146-0.0218-0.13750.1674-0.09910.0417-0.1076-0.01770.0376-0.15710.0152-0.1444-27.9532-11.662923.8805
42.77020.1424-1.14261.92850.84942.59420.02950.01230.2906-0.11090.0139-0.0652-0.29530.1211-0.0433-0.116-0.0116-0.0279-0.1212-0.0061-0.1331-11.21525.193625.1298
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1411 - 141
2X-RAY DIFFRACTION1AG2001
3X-RAY DIFFRACTION2BB2 - 1452 - 145
4X-RAY DIFFRACTION2BH2001
5X-RAY DIFFRACTION3CC1 - 1411 - 141
6X-RAY DIFFRACTION3CI2001
7X-RAY DIFFRACTION4DD1 - 1451 - 145
8X-RAY DIFFRACTION4DJ2001

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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