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万見
- PDB-2b69: Crystal Structure of Human UDP-glucoronic acid decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b69
タイトルCrystal Structure of Human UDP-glucoronic acid decarboxylase
要素UDP-glucuronate decarboxylase 1
キーワードLYASE / UDP-glucoronic acid decarboxylase / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glucuronate decarboxylase / UDP-D-xylose biosynthetic process / UDP-glucuronate decarboxylase activity / D-xylose metabolic process / Golgi cisterna membrane / catalytic complex / NAD+ binding / protein homodimerization activity / extracellular exosome / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UDP-glucuronate decarboxylase N-terminal / UDP-glucuronic acid decarboxylase / UDP-glucuronate decarboxylase N-terminal / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex ...UDP-glucuronate decarboxylase N-terminal / UDP-glucuronic acid decarboxylase / UDP-glucuronate decarboxylase N-terminal / GDP-mannose 4,6 dehydratase / NAD(P)-binding domain / UDP-galactose 4-epimerase, domain 1 / UDP-galactose 4-epimerase; domain 1 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP-glucuronic acid decarboxylase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.21 Å
データ登録者Ugochukwu, E. / Dubinina, E. / Kavanagh, K. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / von Delft, F. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Human UDP-glucoronic acid decarboxylase
著者: Ugochukwu, E. / Dubinina, E. / Kavanagh, K. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / von Delft, F. / Oppermann, U.
履歴
登録2005年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: UDP-glucuronate decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,6804
ポリマ－39,2081
非ポリマー1,4723
水6,359353
1
A: UDP-glucuronate decarboxylase 1
ヘテロ分子

A: UDP-glucuronate decarboxylase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,3608
ポリマ－78,4172
非ポリマー2,9436
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area8060 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area23130 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)46.000, 45.000, 85.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.00, 90.00
Int Tables number3
Space group name H-MP121

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要素

#1: タンパク質 UDP-glucuronate decarboxylase 1


分子量: 39208.363 Da / 分子数: 1 / 断片: UXS1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UXS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3) Methionine auxotroph / 参照: UniProt: Q8NBZ7, UDP-glucuronate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / コメント: UDP*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG3350, Zn (ac)2, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年9月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→42.37 Å / Num. obs: 93023 / % possible obs: 91.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 1.2→1.26 Å / % possible all: 58.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.21→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.333 / SU ML: 0.025 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.039 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16203 4473 5 %RANDOM
Rwork0.13418 ---
all0.13559 84968 --
obs0.13559 84968 84.92 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.954 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.39 Å20 Å2-0.07 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.21→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2439 0 94 353 2886
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0222675
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022374
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.50623667
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87735545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6685336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.70224.426122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.35315439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2341515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022953
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02512
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2367
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1720.22040
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1630.21192
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0760.21157
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1540.2177
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.30.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.210.238
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2840.217
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.84151910
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3565648
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.95172584
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.24591211
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.62111070
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.68235826
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.813353
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.2934973
LS精密化 シェル解像度: 1.21→1.241 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 76 -
Rwork0.277 1604 -
obs--21.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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