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万見
- PDB-2b5r: 1B Lactamase / B Lactamase Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b5r
タイトル1B Lactamase / B Lactamase Inhibitor
要素
  • Beta-lactamase TEM
  • Beta-lactamase inhibitory protein
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Protein-Protein complex / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of beta-lactamase activity / beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / BamE-like / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family ...Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP / Beta-lactamase-inhibitor protein BLIP domain superfamily / Beta-lactamase inhibitor (BLIP) / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / BamE-like / Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-lactamase inhibitory protein / Beta-lactamase TEM
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Rahat, O. / Albeck, S. / Meged, R. / Dym, O. / Screiber, G. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Binding Hot Spots in the TEM1-BLIP Interface in Light of its Modular Architecture.
著者: Reichmann, D. / Cohen, M. / Abramovich, R. / Dym, O. / Lim, D. / Strynadka, N.C. / Schreiber, G.
履歴
登録2005年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月18日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.42019年12月25日Group: Advisory / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly ...pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop
Item: _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase TEM
C: Beta-lactamase inhibitory protein
B: Beta-lactamase TEM
D: Beta-lactamase inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,9954
ポリマ－92,9954
非ポリマー00
水9,458525
1
A: Beta-lactamase TEM
C: Beta-lactamase inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4982
ポリマ－46,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2590 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area16680 Å2
手法PISA
2
B: Beta-lactamase TEM
D: Beta-lactamase inhibitory protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4982
ポリマ－46,4982
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2530 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area16920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.799, 124.473, 157.256
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase TEM / TEM-1 / TEM-2 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-24/CAZ-6 / IRT-4 / ...TEM-1 / TEM-2 / TEM-3 / TEM-4 / TEM-5 / TEM-6 / TEM-8/CAZ-2 / TEM-16/CAZ-7 / TEM-24/CAZ-6 / IRT-4 / Penicillinase


分子量: 28941.010 Da / 分子数: 2 / 変異: V84I, E104Y, Y105N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bla / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62593, beta-lactamase
#2: タンパク質 Beta-lactamase inhibitory protein / BLIP


分子量: 17556.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P35804
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 525 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 298 K / pH: 8.5
詳細: PEG 3350, NH4 Acetate, pH 8.5, Microbatch, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97565 Å
検出器タイプ: NONIUS CAD4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月1日
放射モノクロメーター: Yale mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97565 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 109217 / Num. obs: 109217 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.348 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 5385 / Rsym value: 0.329 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→48.3 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 10903 -Random
Rwork0.19 ---
all0.19 109041 --
obs0.19 109041 99.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→48.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6522 0 0 525 7047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.018
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d24.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.76
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.75 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 1817 -
Rwork0.205 --
obs-16148 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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