PDB-2b5q: Solution structure of globular conformation of CMrVIA lambda conotoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b5q

タイトル

Solution structure of globular conformation of CMrVIA lambda conotoxin

要素

Lambda-conotoxin CMrVIA

キーワード

TOXIN / conotoxin / disulfide linkage / ribbon conformation

機能・相同性

toxin activity / extracellular region / Chi-conotoxin CMrVIA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, energy minimization

Model type details

minimized average

データ登録者

Kang, T.S. / Jois, S.D.S. / Kini, R.M.

引用

ジャーナル: Biomacromolecules / 年: 2006
タイトル: Solution Structures of Two Structural Isoforms of CMrVIA chi/lambda-Conotoxin
著者: Kang, T.S. / Jois, S.D.S. / Kini, R.M.

履歴

登録	2005年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年8月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b5q.cif.gz	44.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b5q.ent.gz	34.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b5q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b5q_validation.pdf.gz	353.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b5q_full_validation.pdf.gz	401 KB	表示
XML形式データ	2b5q_validation.xml.gz	4.1 KB	表示
CIF形式データ	2b5q_validation.cif.gz	5.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/2b5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/2b5q	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2b5pC 1ie0 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6h7i-d 2mzx-d 1j9v-d 1vm5-d 2mfv-d 2lda-d 6u7w-d 1le0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lambda-conotoxin CMrVIA

1.24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	15 / 211	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	Lambda-conotoxin CMrVIA 分子量: 1243.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成詳細: Chemically synthesized using Fmoc-Chemistry Solid Phase Peptide synthesis. The sequence of the peptide is naturally found in Conus marmoreus (Marble cone). 参照: UniProt: P58807

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D TOCSY
1	2	1	DQF-COSY
1	3	1	2D ROESY

-
試料調製

詳細	内容: 3mM peptide sample; 10% D20, 90% H20 / 溶媒系: 90% H20, 10% D20
試料状態	イオン強度: 3mM / pH: 3 / 圧: ambient / 温度: 295 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR			collection
Mestre-C	4.5.9		解析
Insight II			構造決定
Insight II		ACCELRYS	精密化

精密化

手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics, energy minimization
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 211 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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