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万見
- PDB-2mzx: CCR5-ECL2 helical structure, residues Q186-T195 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mzx
タイトルCCR5-ECL2 helical structure, residues Q186-T195
要素C-C chemokine receptor type 5
キーワードSIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor activity / signaling / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / C-C chemokine binding / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum ...chemokine (C-C motif) ligand 5 binding / negative regulation of macrophage apoptotic process / chemokine receptor activity / signaling / C-C chemokine receptor activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate phospholipase C activity / C-C chemokine binding / response to cholesterol / Chemokine receptors bind chemokines / release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / dendritic cell chemotaxis / Interleukin-10 signaling / Binding and entry of HIV virion / cellular defense response / coreceptor activity / cell chemotaxis / calcium-mediated signaling / chemotaxis / calcium ion transport / MAPK cascade / cell-cell signaling / actin binding / virus receptor activity / cellular response to lipopolysaccharide / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (i) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / endosome / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / apoptotic process / cell surface / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CC chemokine receptor 5 / Chemokine receptor family / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C chemokine receptor type 5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average structure, model1
Model type detailsminimized average
データ登録者Abayev, M. / Anglister, J.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2015
タイトル: An extended CCR5 ECL2 peptide forms a helix that binds HIV-1 gp120 through non-specific hydrophobic interactions.
著者: Abayev, M. / Moseri, A. / Tchaicheeyan, O. / Kessler, N. / Arshava, B. / Naider, F. / Scherf, T. / Anglister, J.
履歴
登録2015年2月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22023年6月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C chemokine receptor type 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,3911
ポリマ－1,3911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 74structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質・ペプチド C-C chemokine receptor type 5 / C-C CKR-5 / CC-CKR-5 / CCR-5 / CCR5 / CHEMR13 / HIV-1 fusion coreceptor


分子量: 1390.519 Da / 分子数: 1 / 断片: Extracellular domain residues 186-195 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCR5, CMKBR5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51681

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: CCR5 ECL2 peptides inhibit HIV-1 infection. The structure of an elongated ECL2 peptide was determined using triple resonance approach by NMR. A helical structure was found at the C-terminal ...詳細: CCR5 ECL2 peptides inhibit HIV-1 infection. The structure of an elongated ECL2 peptide was determined using triple resonance approach by NMR. A helical structure was found at the C-terminal segment of this peptide, residues Q186-T195.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D HN(CA)CB
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1512D 1H-15N HSQC
1612D 1H-1H NOESY
1713D 1H-15N NOESY
1812D 1H-1H TOCSY
1913D HNCO

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試料調製

詳細内容: 20 mM [U-99% 2H] acetic acid, 0.005 % v/v Thiomersal, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
20 mMacetic acid-1[U-99% 2H]1
0.005 v/vThiomersal-21
試料状態イオン強度: 0 / pH: 4.8 / 圧: ambient / 温度: 277 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.31Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.31Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 307 / NOE intraresidue total count: 131 / NOE medium range total count: 68 / NOE sequential total count: 108 / Protein phi angle constraints total count: 12 / Protein psi angle constraints total count: 10
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 74 / 登録したコンフォーマーの数: 11 / Maximum upper distance constraint violation: 0.5 Å / Torsion angle constraint violation method: TALOS-N
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.57 Å / Distance rms dev error: 0.25 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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