[日本語] English
万見
- PDB-2b5o: ferredoxin-NADP reductase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b5o
タイトルferredoxin-NADP reductase
要素Ferredoxin--NADP reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex with FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / phycobilisome / plasma membrane-derived thylakoid membrane
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase ...Ferredoxin--NADP reductase, plant and Cyanobacteria type / CpcD-like domain / CpcD/allophycocyanin linker domain / CpcD-like domain profile. / CpcD/allophycocyanin linker domain / Ferredoxin--NADP reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Ferredoxin--NADP reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.499 Å
データ登録者Sawaya, M.R. / Kerfeld, C.A. / Gomez-Lojero, C. / Krogmann, D. / Bryant, D.A. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Ferredoxin-NADP reductase from Synechococcus sp. (PCC 7002)
著者: Sawaya, M.R. / Kerfeld, C.A. / Gomez-Lojero, C. / Krogmann, D. / Bryant, D.A. / Yeates, T.O.
履歴
登録2005年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin--NADP reductase
B: Ferredoxin--NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,76715
ポリマ－90,1402
非ポリマー2,62813
水1,65792
1
A: Ferredoxin--NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,3367
ポリマ－45,0701
非ポリマー1,2666
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferredoxin--NADP reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4328
ポリマ－45,0701
非ポリマー1,3627
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)121.985, 121.985, 74.729
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31A
41B
51A
61B
71A
81B
91A
101B
111A
121B
131A
141B
151A
161B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPRO1AA111 - 167111 - 167
21SERSERPROPRO1BB111 - 167111 - 167
32GLYGLYHISHIS1AA168 - 176168 - 176
42GLYGLYHISHIS1BB168 - 176168 - 176
53LYSLYSLEULEU1AA177 - 204177 - 204
63LYSLYSLEULEU1BB177 - 204177 - 204
74TYRTYRPROPRO1AA206 - 312206 - 312
84TYRTYRPROPRO1BB206 - 312206 - 312
95ASNASNGLNGLN1AA314 - 325314 - 325
105ASNASNGLNGLN1BB314 - 325314 - 325
116THRTHRGLUGLU3AA327 - 378327 - 378
126THRTHRGLUGLU3BB327 - 378327 - 378
137LYSLYSASNASN6AA379 - 383379 - 383
147LYSLYSASNASN6BB379 - 383379 - 383
158GLUGLUTYRTYR1AA385 - 402385 - 402
168GLUGLUTYRTYR1BB385 - 402385 - 402
詳細The biological assembly is a monomer. The asymmetric unit contains two monomers.

-
要素

#1: タンパク質 Ferredoxin--NADP reductase / FNR


分子量: 45069.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Synechococcus sp. PCC 7002 (バクテリア)
参照: UniProt: P31973, ferredoxin-NADP+ reductase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.89 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2M ammonium sulfate, 5% isopropanol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月27日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→90 Å / Num. all: 22511 / Num. obs: 22511 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 49.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Χ2: 1.118 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.481 / Mean I/σ(I) obs: 4.08 / Num. measured obs: 2219 / Num. unique all: 2219 / Χ2: 0.956 / % possible all: 100

-
位相決定

Phasing MRRfactor: 0.535 / Cor.coef. Fo:Fc: 0.293
最高解像度最低解像度
Translation4 Å15 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR2.5位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
Blu-Iceデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1b2r

1b2r


解像度: 2.499→47.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / WRfactor Rfree: 0.227 / WRfactor Rwork: 0.172 / SU B: 18.657 / SU ML: 0.2 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.31 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: N-terminal 110 residues are either disordered or proteolyzed. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2354 2149 9.901 %random
Rwork0.1785 ---
all0.184 21704 --
obs0.184 21704 96.501 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 38.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.277 Å20.139 Å20 Å2
2--0.277 Å20 Å2
3----0.416 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.499→47.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4680 0 161 92 4933
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224952
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024290
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9142.0026724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.968310040
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8375582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.46424.224232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.91215840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3751530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025384
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02968
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.31012
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2140.34326
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1950.52376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0970.52737
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.5348
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0670.54
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.335
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2150.362
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.18423744
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.96721188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.67234700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.233964
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.94922510
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.36723879
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it7.54332024
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.936076
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数RmsタイプWeight
38520.055TIGHT POSITIONAL0.05
5390.308LOOSE POSITIONAL5
38520.256TIGHT THERMAL0.5
5394.281LOOSE THERMAL10
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.499-2.5640.3021510.2061301160190.693
2.564-2.6340.2811400.1921327160691.345
2.634-2.710.2511620.1941292157392.435
2.71-2.7930.3071400.2131262148694.347
2.793-2.8840.2871350.1941247146394.463
2.884-2.9850.2451370.171257145296.006
2.985-3.0970.2641170.1921199135697.05
3.097-3.2230.2311290.1841167132198.107
3.223-3.3660.2741160.1961123125898.49
3.366-3.5290.2211290.1761077122498.529
3.529-3.7190.2181100.1721048116799.229
3.719-3.9430.2431120.176998111799.373
3.943-4.2130.2960.163928103698.842
4.213-4.5480.1861050.14485296599.171
4.548-4.9770.217800.15281189899.22
4.977-5.5570.228780.18573281499.509
5.557-6.4020.265820.19864773499.319
6.402-7.8050.201590.1854560699.67
7.805-10.8890.185450.15346050699.802
10.889-47.140.233260.22282308100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.519-0.32070.44810.18210.1130.50890.07890.00240.2869-0.0358-0.08110.1019-0.0569-0.05480.0022-0.0629-0.02830.0259-0.0933-0.0098-0.01121.715349.9312-4.3384
22.01181.15740.18961.97610.28380.91050.3814-0.4807-0.18780.5685-0.26790.01880.0727-0.0814-0.11350.1422-0.1008-0.0350.0330.0635-0.0381-28.721322.843311.8197
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A111 - 402
2X-RAY DIFFRACTION2B111 - 402

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る