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万見
- PDB-2b50: Human Nuclear Receptor-Ligand Complex 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b50
タイトルHuman Nuclear Receptor-Ligand Complex 2
要素Peroxisome proliferator activated receptor delta
キーワードGENE REGULATION / Nuclear Receptor / Protein-Ligand Complex / PPAR
機能・相同性
機能・相同性情報


fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process ...fat cell proliferation / positive regulation of fat cell proliferation / keratinocyte migration / linoleic acid binding / positive regulation of skeletal muscle tissue regeneration / axon ensheathment / regulation of skeletal muscle satellite cell proliferation / D-glucose transmembrane transport / positive regulation of myoblast proliferation / fatty acid catabolic process / negative regulation of myoblast differentiation / Carnitine shuttle / Signaling by Retinoic Acid / nuclear steroid receptor activity / positive regulation of fatty acid metabolic process / fatty acid beta-oxidation / cell-substrate adhesion / negative regulation of cholesterol storage / decidualization / keratinocyte proliferation / positive regulation of fat cell differentiation / adipose tissue development / cellular response to nutrient levels / fatty acid transport / energy homeostasis / embryo implantation / cholesterol metabolic process / hormone-mediated signaling pathway / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of miRNA transcription / apoptotic signaling pathway / generation of precursor metabolites and energy / fatty acid metabolic process / wound healing / lipid metabolic process / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / negative regulation of epithelial cell proliferation / glucose metabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / cell population proliferation / cell differentiation / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / lipid binding / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. ...Peroxisome proliferator-activated receptor, beta / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
heptyl beta-D-glucopyranoside / VACCENIC ACID / Peroxisome proliferator-activated receptor delta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Fyffe, S.A. / Alphey, M.S. / Buetow, L. / Smith, T.K. / Ferguson, M.A.J. / Sorensen, M.D. / Bjorkling, F. / Hunter, W.N.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Recombinant Human PPAR-beta/delta Ligand-binding Domain is Locked in an Activated Conformation by Endogenous Fatty Acids
著者: Fyffe, S.A. / Alphey, M.S. / Buetow, L. / Smith, T.K. / Ferguson, M.A.J. / Sorensen, M.D. / Bjorkling, F. / Hunter, W.N.
履歴
登録2005年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年3月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator activated receptor delta
B: Peroxisome proliferator activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,2628
ポリマ－62,0602
非ポリマー1,2026
水9,350519
1
A: Peroxisome proliferator activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9095
ポリマ－31,0301
非ポリマー8794
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Peroxisome proliferator activated receptor delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,3533
ポリマ－31,0301
非ポリマー3232
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.776, 92.084, 95.017
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological unit is a monomer. There are 2 biological units the aymmetric unit (chains A and B)

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator activated receptor delta / PPAR-delta / PPAR- beta / Nuclear hormone receptor 1 / NUC1 / NUCI


分子量: 31030.061 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 205-476 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 GOLD (DE3) / 参照: UniProt: Q03181
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 糖 ChemComp-B7G / heptyl beta-D-glucopyranoside / HEPTYL-BETA-D-GLUCOPYRANOSIDE / heptyl beta-D-glucoside / heptyl D-glucoside / heptyl glucoside / ヘプチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 278.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H26O6
識別子タイププログラム
heptyl-b-D-GlucopyranosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 化合物 ChemComp-VCA / VACCENIC ACID / (11E)-OCTADEC-11-ENOIC ACID / cis-バクセン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 519 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% PEG 8000, 200mM KCl, 40mM bis-tris-propane pH 8.5, 2.5% 1,2-propanediol, 0.5% n-heptyl-B-D-glucopyranoside, 1mM EDTA, 10mM DTT, vapour diffusion, hanging drop, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 65 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.939261 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.939261 Å / 相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→94.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 4.901 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.183 / ESU R Free: 0.172 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.249 2251 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
all0.199 42441 --
obs0.199 44692 97.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.494 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20.6 Å2
2--2.09 Å20 Å2
3----1.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→94.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4198 0 80 519 4797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224364
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.9795881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3135519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.27924.074189
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.04715780
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.1331522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023172
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.22103
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.22974
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1570.2411
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1630.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3150.2119
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3160.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1430.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6721.52706
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12324237
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.62231845
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.634.51644
LS精密化 シェル最高解像度: 2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.351 163 -
Rwork0.284 3081 -
all-3244 -
obs--96.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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