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万見
- PDB-2b4k: Acetobacter turbidans alpha-amino acid ester hydrolase complexed ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b4k
タイトルAcetobacter turbidans alpha-amino acid ester hydrolase complexed with phenylglycine
要素Alpha-amino acid ester hydrolase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / alpha-beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


Α-アミノ酸エステラーゼ / alpha-amino-acid esterase activity / dipeptidyl-peptidase activity
類似検索 - 分子機能
alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily ...alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / alpha-amino acid ester hydrolase ( Helical cap domain) / CocE/Serine esterase / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase, C-terminal / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase C-terminal non-catalytic domain / Xaa-Pro dipeptidyl-peptidase-like domain / X-Pro dipeptidyl-peptidase (S15 family) / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Jelly Rolls / サンドイッチ / ロスマンフォールド / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-PHENYLGLYCINE / Alpha-amino acid ester hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Acetobacter pasteurianus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Barends, T.R.M. / Polderman-Tijmes, J.J. / Jekel, P.A. / Williams, C. / Wybenga, G. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2006
タイトル: Acetobacter turbidans alpha-amino acid ester hydrolase: how a single mutation improves an antibiotic-producing enzyme.
著者: Barends, T.R. / Polderman-Tijmes, J.J. / Jekel, P.A. / Williams, C. / Wybenga, G. / Janssen, D.B. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2005年9月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / entity_src_gen / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amino acid ester hydrolase
B: Alpha-amino acid ester hydrolase
C: Alpha-amino acid ester hydrolase
D: Alpha-amino acid ester hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,61211
ポリマ－291,7904
非ポリマー8227
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16320 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area81810 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)340.909, 340.909, 340.909
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

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要素

#1: タンパク質
Alpha-amino acid ester hydrolase


分子量: 72947.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acetobacter pasteurianus (バクテリア)
遺伝子: aehA / プラスミド: pBAD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q8VRK8
#2: 化合物 ChemComp-PG9 / D-PHENYLGLYCINE / D-フェニルグリシン / Phenylglycine


タイプ: D-peptide linking / 分子量: 151.163 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H9NO2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 80 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: sodium citrate, PEG4000, phenylglycine, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月1日
放射モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→40 Å / Num. all: 121384 / Num. obs: 121384 / % possible obs: 93.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.186
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.917 / % possible all: 91.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1NX9

1nx9


解像度: 3.3→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.853 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.813 / SU B: 19.366 / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.669 / ESU R Free: 0.45 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28934 4836 5 %RANDOM
Rwork0.25774 ---
all0.25933 91758 --
obs0.25933 91758 99.38 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19532 0 57 5 19594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.02120225
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9541.9327614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.8552464
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.22855
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0216117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1980.310883
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.5811
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1660.342
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1360.52
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.381 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.344 370
Rwork0.308 6498

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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