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- PDB-2b2b: Structural distortions in psoralen cross-linked DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b2b
タイトルStructural distortions in psoralen cross-linked DNA
要素5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3'
キーワードDNA / Recombination / Psoralen / Nucleic Acid Structure
機能・相同性4'-HYDROXYMETHYL-4,5',8-TRIMETHYLPSORALEN / SPERMINE / DNA
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Hays, F.A. / Yonggang, H. / Eichman, B.F. / Kong, W. / Hearst, J. / Ho, P.S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural distortions in psoralen cross-linked DNA
著者: Hays, F.A. / Yonggang, H. / Eichman, B.F. / Kong, W. / Hearst, J. / Ho, P.S.
履歴
登録2005年9月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7029
ポリマ－6,0922
非ポリマー6107
水3,495194
1
A: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,40318
ポリマ－12,1844
非ポリマー1,21914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)69.007, 22.496, 44.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-173-

HOH

21A-181-

HOH

31B-155-

HOH

41B-189-

HOH

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要素

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DNA鎖 , 1種, 2分子 AB

#1: DNA鎖 5'-D(*CP*CP*GP*CP*TP*AP*GP*CP*GP*G)-3'


分子量: 3045.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: The d(CCGCTAGCGG) decamer DNA sequence was synthesized using- cyanoethyl phosphoramidite chemistry on an Applied Biosystems DNA synthesizer in the Center for Gene Research and Biotechnology ...詳細: The d(CCGCTAGCGG) decamer DNA sequence was synthesized using- cyanoethyl phosphoramidite chemistry on an Applied Biosystems DNA synthesizer in the Center for Gene Research and Biotechnology at Oregon State University. The 5-O-dimethoxytrityl group was left attached to facilitate separation from failure sequences using reverse-phase HPLC. The target fraction was then dried overnight, detritylated using 3% acetic acid, desalted on a Sephadex (Sigma) G-25 size exclusion column and dried overnight.

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非ポリマー , 5種, 201分子

#2: 化合物 ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン


分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H26N4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PSO / 4'-HYDROXYMETHYL-4,5',8-TRIMETHYLPSORALEN / 4′-ヒドロキシメチル-4,5′,8-トリメチルプソラレン


分子量: 258.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14O4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.5 mM HMT-d(CCGCTAGCGG), 30 mM NaCacodylate (pH = 7.0), 25 mM calcium chloride and 5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) against a 30 mL reservoir solution of 15% MPD (boosted to 20% two weeks ...詳細: 0.5 mM HMT-d(CCGCTAGCGG), 30 mM NaCacodylate (pH = 7.0), 25 mM calcium chloride and 5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) against a 30 mL reservoir solution of 15% MPD (boosted to 20% two weeks later), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCacodylate11
2calcium chloride11
3MPD11
4H2O11
5NaCacodylate12
6calcium chloride12
7H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→26.89 Å / Num. all: 7306 / Num. obs: 7306 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 653 / % possible all: 50.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1FHY

1fhy


解像度: 1.5→26.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 2.492 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residue (B C 14 ) and Residue (B T 15 ) are not linked. Distance of O3*-P bond is 1.91
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26162 788 10.8 %RANDOM
Rwork0.20995 ---
obs0.21549 6518 100 %-
all-7306 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.589 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.79 Å20 Å2-0.4 Å2
2--0.8 Å20 Å2
3----0.5 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 404 30 194 628
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.021480
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.1113714
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1370.281
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.02223
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3660.2279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.2269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.290.2175
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3140.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2750.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2190.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.1880.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.0541.51
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.53580
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0414.5714
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.254 26 -
Rwork0.265 238 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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