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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2b2b | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structural distortions in psoralen cross-linked DNA | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / Recombination (遺伝的組換え) / Psoralen (ソラレン) / Nucleic Acid Structure (核酸構造) | 機能・相同性 | 4'-HYDROXYMETHYL-4,5',8-TRIMETHYLPSORALEN / スペルミン / デオキシリボ核酸 | 機能・相同性情報 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | データ登録者 | Hays, F.A. / Yonggang, H. / Eichman, B.F. / Kong, W. / Hearst, J. / Ho, P.S. | 引用 | ジャーナル: To be Published | タイトル: Structural distortions in psoralen cross-linked DNA 著者: Hays, F.A. / Yonggang, H. / Eichman, B.F. / Kong, W. / Hearst, J. / Ho, P.S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2b2b.cif.gz | 30.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2b2b.ent.gz | 19.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2b2b.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/2b2b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/2b2b | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1fhyS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-DNA鎖 , 1種, 2分子 AB
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.993 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: The d(CCGCTAGCGG) decamer DNA sequence was synthesized using- cyanoethyl phosphoramidite chemistry on an Applied Biosystems DNA synthesizer in the Center for Gene Research and Biotechnology ...詳細: The d(CCGCTAGCGG) decamer DNA sequence was synthesized using- cyanoethyl phosphoramidite chemistry on an Applied Biosystems DNA synthesizer in the Center for Gene Research and Biotechnology at Oregon State University. The 5-O-dimethoxytrityl group was left attached to facilitate separation from failure sequences using reverse-phase HPLC. The target fraction was then dried overnight, detritylated using 3% acetic acid, desalted on a Sephadex (Sigma) G-25 size exclusion column and dried overnight. |
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-非ポリマー , 5種, 201分子
#2: 化合物 | ChemComp-SPM / | ||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PSO / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.5 mM HMT-d(CCGCTAGCGG), 30 mM NaCacodylate (pH = 7.0), 25 mM calcium chloride and 5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) against a 30 mL reservoir solution of 15% MPD (boosted to 20% two weeks ...詳細: 0.5 mM HMT-d(CCGCTAGCGG), 30 mM NaCacodylate (pH = 7.0), 25 mM calcium chloride and 5% 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD) against a 30 mL reservoir solution of 15% MPD (boosted to 20% two weeks later), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年3月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→26.89 Å / Num. all: 7306 / Num. obs: 7306 / % possible obs: 83 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.628 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique all: 653 / % possible all: 50.2 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1FHY 解像度: 1.5→26.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / SU B: 2.492 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Residue (B C 14 ) and Residue (B T 15 ) are not linked. Distance of O3*-P bond is 1.91
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 16.589 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.19 Å / Luzzati d res low obs: 5 Å / Luzzati sigma a obs: 0.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→26.89 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
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