PDB-2b1u: Solution structure of Calmodulin-like Skin Protein C terminal domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2b1u

タイトル

Solution structure of Calmodulin-like Skin Protein C terminal domain

要素

Calmodulin-like protein 5

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / CLSP / Calmodulin-like skin protein / Solution structure / Backbone dynamic / Structural Genomics / Structural Proteomics in Europe / SPINE

機能・相同性

機能・相同性情報

Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / epidermis development / enzyme regulator activity / microtubule cytoskeleton organization / ficolin-1-rich granule lumen / calcium ion binding / Neutrophil degranulation / signal transduction / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing, restrained energy minimization

データ登録者

Babini, E. / Bertini, I. / Capozzi, F. / Chirivino, E. / Luchinat, C. / Structural Proteomics in Europe (SPINE)

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: A Structural and Dynamic Characterization of the EF-Hand Protein CLSP.
著者: Babini, E. / Bertini, I. / Capozzi, F. / Chirivino, E. / Luchinat, C.

履歴

登録	2005年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2b1u.cif.gz	422.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2b1u.ent.gz	353.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2b1u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2b1u_validation.pdf.gz	361.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2b1u_full_validation.pdf.gz	489.3 KB	表示
XML形式データ	2b1u_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	2b1u_validation.cif.gz	39.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/2b1u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/2b1u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ai5-d 2al3-d 1ayg-d 2oai-d 2ww6-d 1bcg-d 3tjy-d 3zow-7 3zow-15 1zac-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Calmodulin-like protein 5

7.97 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 400	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質	Calmodulin-like protein 5 / Calmodulin-like skin protein 分子量: 7969.740 Da / 分子数: 1 / 断片: C terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CALML5 / プラスミド: pQE30Xa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1Blue / 参照: UniProt: Q9NZT1

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	2D TOCSY
1	3	1	3D 15N-separated NOESY
1	4	1	3D 15N-separated TOCSY
1	5	1	HNHA

-
試料調製

詳細	内容: 2mM 15N protein sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 100mM NaCl / pH: 6.8 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	900	1
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	800	2
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	700	3
Bruker AVANCE	Bruker	AVANCE	500	4

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
XwinNMR	3.5	Bruker	collection
CARA	1.2	Keller, R.	データ解析
CYANA	1.2	Herrmann, T., Guntert, P., and Wuthrich, K	構造決定
Amber	5		精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics, simulated annealing, restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 400 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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