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万見
- PDB-2b0o: Crystal structure of UPLC1 GAP domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2b0o
タイトルCrystal structure of UPLC1 GAP domain
要素UPLC1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ARFGAP / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of stress fiber assembly / ruffle / positive regulation of GTPase activity / GTPase activator activity / cell migration / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / zinc ion binding / nucleoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arf GTPase activating protein, ASAP3 / : / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / Arf GTPase activating protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. ...Arf GTPase activating protein, ASAP3 / : / ASAP, PH domain / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein / Arf GTPase activating protein / BAR domain of APPL family / Arf GTPase activating protein / ArfGAP domain superfamily / Putative GTPase activating protein for Arf / ARF GTPase-activating proteins domain profile. / Putative GTP-ase activating proteins for the small GTPase, ARF / ARFGAP/RecO-like zinc finger / BAR domain / Annexin V; domain 1 / AH/BAR domain superfamily / Ankyrin repeat-containing domain / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / PH-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3 / Arf-GAP with SH3 domain, ANK repeat and PH domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Ismail, S. / Shen, L. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural analysis of GAP and ankyrin domains of UPLC1
著者: Ismail, S. / Shen, L. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Sundstrom, M. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.
履歴
登録2005年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: UPLC1
F: UPLC1
G: UPLC1
H: UPLC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,4028
ポリマ－131,1404
非ポリマー2624
水9,008500
1
E: UPLC1
F: UPLC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7014
ポリマ－65,5702
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
2
G: UPLC1
H: UPLC1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,7014
ポリマ－65,5702
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4290 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area21690 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11000 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area42120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.055, 106.716, 100.365
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.97, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
UPLC1


分子量: 32785.074 Da / 分子数: 4 / 断片: GAP domain (residues 414-697) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDEFL1 / プラスミド: pET28a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6P9F4, UniProt: Q8TDY4*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 500 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: NaCitrat 1.5M, Ethylene Glycol 9%, Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.059→50 Å / Num. all: 67919 / Num. obs: 67919 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 2.059→2.13 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 6157 / Rsym value: 0.27 / % possible all: 88.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1DCQ

1dcq


解像度: 2.06→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 4.307 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / ESU R: 0.203 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23264 3414 5 %RANDOM
Rwork0.1826 ---
obs0.18518 64496 97.57 %-
all-66102 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.234 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å2-0.15 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3---0.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7988 0 4 500 8492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0218132
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7721.9711013
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.35551034
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.15524.56364
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.669151379
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.9111552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1360.21253
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026130
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2280.24130
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.25501
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.2563
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1320.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2141.55394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85128265
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.04533118
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6724.52748
LS精密化 シェル解像度: 2.059→2.112 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 215 -
Rwork0.201 4166 -
obs--86.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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