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万見
- PDB-2azq: Crystal Structure of Catechol 1,2-Dioxygenase from Pseudomonas ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2azq
タイトルCrystal Structure of Catechol 1,2-Dioxygenase from Pseudomonas arvilla C-1
要素catechol 1,2-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CTD / Catechol / Dioxygenase / lipid / isozyme / intradiol
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol-containing compound catabolic process / catechol 1,2-dioxygenase / catechol 1,2-dioxygenase activity / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Catechol 1,2-dioxygenase, proteobacteria / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase ...Catechol 1,2-dioxygenase, proteobacteria / Catechol dioxygenase, N-terminal / Catechol dioxygenase N terminus / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / catechol 1,2-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Earhart, C.A. / Vetting, M.W. / Gosu, R. / Michaud-Soret, I. / Que, L. / Ohlendorf, D.H.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2005
タイトル: Structure of catechol 1,2-dioxygenase from Pseudomonas arvilla
著者: Earhart, C.A. / Vetting, M.W. / Gosu, R. / Michaud-Soret, I. / Que, L. / Ohlendorf, D.H.
履歴
登録2005年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,1443
ポリマ－34,3541
非ポリマー7902
水00
1
A: catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子

A: catechol 1,2-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,2886
ポリマ－68,7082
非ポリマー1,5804
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area9730 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area27750 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)62.73, 71.52, 187.09
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
詳細The biological unit is dimer. It is generated by 2fold rotation about x axis: x,-y,-z

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要素

#1: タンパク質 catechol 1,2-dioxygenase / E.C.1.13.11.1


分子量: 34354.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: synonym Pseudomonas arvilla / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: C-1 / 参照: UniProt: Q51433, catechol 1,2-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-PCF / 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE


分子量: 734.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C40H80NO8P

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: Tris/Malate, PEG 8000, Magnesium acetate, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR
放射モノクロメーター: Copper K-alpha / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→21 Å / Num. obs: 25259 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 30 Å2 / Net I/σ(I): 9.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-GENデータスケーリング
X-GENデータ削減
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1DLT

1dlt


解像度: 2.65→21 Å / Data cutoff high absF: 10000 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.284 555 4.4 %random
Rwork0.229 ---
all0.267 10566 --
obs0.238 10566 84.4 %-
溶媒の処理Bsol: 16.542 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 15.597 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.875 Å20 Å20 Å2
2--1.367 Å20 Å2
3---0.508 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.401 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2411 0 45 0 2456
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4531.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.4582
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2452
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.6052.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4lip_even_prodrg2.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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