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万見
- PDB-2azo: DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTH FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2azo
タイトルDNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTH FROM E. COLI
要素MUTH
キーワードENDONUCLEASE / MUTH / DNA REPAIR / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


T/G mismatch-specific endonuclease activity / mismatch repair complex / regulation of DNA recombination / DNA modification / mismatch repair / endonuclease activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair protein MutH / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction enzyme Sau3AI / DNA mismatch repair enzyme MutH / DNA mismatch repair enzyme MutH / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA mismatch repair protein MutH
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yang, W.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1998
タイトル: Structural basis for MutH activation in E.coli mismatch repair and relationship of MutH to restriction endonucleases.
著者: Ban, C. / Yang, W.
履歴
登録1997年11月20日処理サイト: BNL
改定 1.01998年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MUTH
B: MUTH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,6812
ポリマ－51,6812
非ポリマー00
水2,594144
1
A: MUTH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8411
ポリマ－25,8411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MUTH


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8411
ポリマ－25,8411
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.860, 111.570, 54.930
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.915447, -0.117429, 0.385006), (-0.091345, -0.992145, -0.085472), (0.392036, 0.043099, -0.91897)
ベクター: -18.94685, 51.59971, 75.06109)
詳細ALTHOUGH THERE ARE TWO COPIES OF MUTH IN ONE ASYMMETRIC UNITS, THE COPIES ARE STRUCTURAL DIFFERENT DUE TO CONFORMATIONAL CHANGES BETWEEN TWO SUBDOMAINS IN THE PROTEIN.

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要素

#1: タンパク質 MUTH / DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTH


分子量: 25840.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / プラスミド: PTX417 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P06722
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化pH: 6
詳細: 100MM AMMONIUM ACETATE, 50 MM MAGNESIUM ACETATE, 1 MM DTT AND 12-16 % PEG6000, pH 6.0
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
1100 mMammonium acetate1reservoir
250 mMmagnesium acetate1reservoir
31 mMdithiothreitol1reservoir
412-16 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 98 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 20757 / % possible obs: 95.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 20 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rsym value: 0.079 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.28→2.37 Å / 冗長度: 2.1 % / Rmerge(I) obs: 0.369 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.369 / % possible all: 83.8
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83.8 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.851モデル構築
X-PLOR3.851精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 10000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.293 1928 9.9 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.202 19388 91.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 29.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.39 Å0.36 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3508 0 0 144 3652
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d0.65
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it2.421.5
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it3.912
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it42
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it6.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 302 10.8 %
Rwork0.3 2488 -
obs--79.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM11.WAT
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.225 / Rfactor Rfree: 0.289
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.399
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg26.6
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg0.65
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor obs: 0.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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