PDB-2azd: X-Ray studies on Maltodextrin Phosphorylase (MalP) Complexes: rec...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2azd

タイトル

X-Ray studies on Maltodextrin Phosphorylase (MalP) Complexes: recognition of substrates and CATALYTIC mechanism of phosphorylase family

要素

Maltodextrin phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / maltopentaose / carbohydrate recognition / phosphorylase mechanism / ternary complexes with natural and inhibitory substrates

機能・相同性

機能・相同性情報

maltodextrin phosphorylase activity / alpha-glucan catabolic process / glycogen phosphorylase / glycogen phosphorylase activity / glycogen catabolic process / pyridoxal phosphate binding / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Geremia, S. / Campagnolo, M.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2008
タイトル: X-ray studies on ternary complexes of maltodextrin phosphorylase.
著者: Campagnolo, M. / Campa, C. / Zorzi, R.D. / Wuerges, J. / Geremia, S.

履歴

登録	2005年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2021年11月10日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2azd.cif.gz	335 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2azd.ent.gz	280.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2azd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2azd_validation.pdf.gz	1009.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2azd_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	2azd_validation.xml.gz	63.8 KB	表示
CIF形式データ	2azd_validation.cif.gz	90.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/2azd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/2azd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2av6C 2aw3C 1l5v 1l5w 1l6i 1qm5 C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1l5v-d 4eky-1 3cut-2 1l5w-d 1l6i-d 3g2h-2 3np7-1 4cto-1 3l7d-1 3s0j-1 1z62-1 3zcu-1 2asv-d 3zcp-1 3l7b-1 4mi6-1 2f3u-1 3ms4-1 3l79-1 3zcr-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Maltodextrin phosphorylase

B: Maltodextrin phosphorylase

ヘテロ分子

183 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.779, 105.892, 220.230
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg label comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	PRO	1	A	A	1 - 3	1 - 3
2	1	SER	PRO	1	B	B	1 - 3	1 - 3
3	2	PRO	ILE	3	A	A	3 - 4	3 - 4
4	2	PRO	ILE	3	B	B	3 - 4	3 - 4
5	3	PHE	VAL	1	A	A	5 - 185	5 - 185
6	3	PHE	VAL	1	B	B	5 - 185	5 - 185
7	4	THR	ARG	6	A	A	186 - 190	186 - 190
8	4	THR	ARG	6	B	B	186 - 190	186 - 190
9	5	TRP	LEU	1	A	A	191 - 267	191 - 267
10	5	TRP	LEU	1	B	B	191 - 267	191 - 267
11	6	ARG	ARG	3	A	A	268	268
12	6	ARG	ARG	3	B	B	268	268
13	7	LEU	HIS	1	A	A	269 - 295	269 - 295
14	7	LEU	HIS	1	B	B	269 - 295	269 - 295
15	8	GLU	GLU	3	A	A	296	296
16	8	GLU	GLU	3	B	B	296	296
17	9	LEU	GLY	1	A	A	297 - 414	297 - 414
18	9	LEU	GLY	1	B	B	297 - 414	297 - 414
19	10	PHE	PHE	3	A	A	415	415
20	10	PHE	PHE	3	B	B	415	415
21	11	ALA	ALA	1	A	A	416 - 465	416 - 465
22	11	ALA	ALA	1	B	B	416 - 465	416 - 465
23	12	ALA	ALA	3	A	A	466	466
24	12	ALA	ALA	3	B	B	466	466
25	13	LEU	LEU	1	A	A	467 - 472	467 - 472
26	13	LEU	LEU	1	B	B	467 - 472	467 - 472
27	14	GLN	LYS	3	A	A	473 - 474	473 - 474
28	14	GLN	LYS	3	B	B	473 - 474	473 - 474
29	15	GLU	ASP	1	A	A	475 - 491	475 - 491
30	15	GLU	ASP	1	B	B	475 - 491	475 - 491
31	16	ASP	ASP	3	A	A	492	492
32	16	ASP	ASP	3	B	B	492	492
33	17	ALA	ARG	1	A	A	493 - 556	493 - 556
34	17	ALA	ARG	1	B	B	493 - 556	493 - 556
35	18	GLU	GLN	6	A	A	557 - 560	557 - 560
36	18	GLU	GLN	6	B	B	557 - 560	557 - 560
37	19	ALA	ASP	1	A	A	561 - 562	561 - 562
38	19	ALA	ASP	1	B	B	561 - 562	561 - 562
39	20	ARG	ARG	3	A	A	563	563
40	20	ARG	ARG	3	B	B	563	563
41	21	VAL	SER	1	A	A	564 - 716	564 - 716
42	21	VAL	SER	1	B	B	564 - 716	564 - 716
43	22	ASP	ASP	3	A	A	717	717
44	22	ASP	ASP	3	B	B	717	717
45	23	GLY	ARG	1	A	A	718 - 796	718 - 796
46	23	GLY	ARG	1	B	B	718 - 796	718 - 796
47	24	TRS	VO4	1	A	H - E	990 - 999
48	24	TRS	VO4	1	B	J - F	1990 - 1999

詳細

the biological assembly is a homodimer; the homodimer constitutes the asymmetric unit

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質

Maltodextrin phosphorylase

分子量: 90547.062 Da / 分子数: 2 / 変異: H261A, T262F, A263E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: EG10560 / プラスミド: PMAP101 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DELTA MAL518 / 参照: UniProt: P00490, glycogen phosphorylase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2-2-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 638分子

#3: 化合物	ChemComp-VO4 / VANADATE ION 分子量: 114.939 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO₄
#4: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#5: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 632 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.9 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG4000, lithium chloride, TRIS (HYDROXYMETHIL)AMINOMETHANE, MALTOPENTAOSE, SODIUM ORTHOVANADATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 1.2 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.16→111.8 Å / Num. all: 96210 / Num. obs: 88911 / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 34.35 Å² / R_merge(I) obs: 0.132 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 5.8 % / R_merge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 12410

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.16→6.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 7.054 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.226 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24967	4458	5 %	RANDOM
R_work	0.20468	-	-	-
obs	0.207	84393	91.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.91 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.16→6.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12778	0	146	632	13556

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.025	0.021	13228
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	11844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.887	1.947	17944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.187	3	27532
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.979	5	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	1952
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	14650
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	2792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.255	0.2	13142
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.094	0.2	7180
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	552
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.213	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.297	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.222	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.003	1.5	7928
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.787	2	12722
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.598	3	5300
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.163	4.5	5222

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
12126	tight positional	0.08	0.05
250	loose positional	0.92	5
12126	tight thermal	0.29	0.5
250	loose thermal	5.51	10

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.337	318
R_work	0.279	5931

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関連情報:EMDBヘッダ

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