PDB-2axy: Crystal Structure of KH1 domain of human Poly(C)-binding protein-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2axy

タイトル

Crystal Structure of KH1 domain of human Poly(C)-binding protein-2 with C-rich strand of human telomeric DNA

要素

C-rich strand of human telomeric dna
Poly(rC)-binding protein 2

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / protein-dna complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA metabolic process / negative regulation of defense response to virus / promoter-enhancer loop anchoring activity / IRES-dependent viral translational initiation / chromatin looping / negative regulation of cGAS/STING signaling pathway / lncRNA binding / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA Splicing - Major Pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Du, Z. / Lee, J.K. / Tjhen, R.J. / Li, S. / Stroud, R.M. / James, T.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Crystal Structure of the First KH Domain of Human Poly(C)-binding Protein-2 in Complex with a C-rich Strand of Human Telomeric DNA at 1.7 A
著者: Du, Z. / Lee, J.K. / Tjhen, R. / Li, S. / Pan, H. / Stroud, R.M. / James, T.L.

履歴

登録	2005年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2axy.cif.gz	83.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2axy.ent.gz	64.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2axy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/2axy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/2axy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4tky-2 2ell-d 4cq1-1 6g68-3 2rem-2 1r8h-7 4cq1-5 6cay-3 3krm-2 4zl7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (2) #130 - 2010年10月リボスイッチ (Riboswitches) 類似性 (1) #65 - 2005年5月自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA) 類似性 (1)

登録構造単位

E: C-rich strand of human telomeric dna

F: C-rich strand of human telomeric dna

G: C-rich strand of human telomeric dna

H: C-rich strand of human telomeric dna

A: Poly(rC)-binding protein 2

B: Poly(rC)-binding protein 2

C: Poly(rC)-binding protein 2

D: Poly(rC)-binding protein 2

40.9 kDa, 8 ポリマー
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1

E: C-rich strand of human telomeric dna

F: C-rich strand of human telomeric dna

A: Poly(rC)-binding protein 2

B: Poly(rC)-binding protein 2

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 4 ポリマー
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2

G: C-rich strand of human telomeric dna

H: C-rich strand of human telomeric dna

C: Poly(rC)-binding protein 2

D: Poly(rC)-binding protein 2

登録者が定義した集合体
20.5 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	66.603, 115.176, 45.525
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: DNA鎖	C-rich strand of human telomeric dna 分子量: 2066.401 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質	Poly(rC)-binding protein 2 / Alpha-CP2 / hnRNP-E2 分子量: 8166.099 Da / 分子数: 4 / Fragment: KH1 domain of human PCBP2 (residues 11-82) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCBP2 / プラスミド: PET24A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21(DE3) / 参照: UniProt: Q15366
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.183 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.5 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: PEG 8000, Cacodylate, Acetate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	PEG 8000	1	1
2	Cacodylate	1	1
3	Acetate	1	1
4	H2O	1	1
5	PEG 8000	1	2
6	Cacodylate	1	2
7	Acetate	1	2
8	H2O	1	2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.979594 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月19日 / 詳細: KOHZU: Double Crystal Si(111)

放射

モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979594 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 4 % / 数: 67408 / R_merge(I) obs: 0.072 / Χ²: 1.037 / D res high: 1.75 Å / D res low: 60 Å / % possible obs: 98.8

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.01	60	92.3	1	0.025	1.001	4.1
3.18	4.01	97.9	1	0.033	0.972	4.2
2.78	3.18	99.1	1	0.048	0.99	4.2
2.52	2.78	99.4	1	0.074	1.049	4.2
2.34	2.52	99.8	1	0.107	1.071	4.2
2.2	2.34	100	1	0.121	1.04	4.1
2.09	2.2	100	1	0.156	1.009	4.1
2	2.09	100	1	0.218	1.047	4.1
1.93	2	100	1	0.317	1.07	4.1
1.86	1.93	100	1	0.427	1.071	4
1.8	1.86	99.8	1	0.56	1.072	3.5
1.75	1.8	97.1	1	0.638	1.076	3

反射

解像度: 1.7→66.67 Å / Num. obs: 39246 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.092 / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 6.1

反射シェル

解像度: 1.7→1.81 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.887 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / R_sym value: 0.887 / % possible all: 96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
CNS		位相決定
RESOLVE		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
DENZO		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 4.375 / SU ML: 0.074 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23759	1995	5.1 %	RANDOM
R_work	0.21419	-	-	-
obs	0.21541	37143	99.28 %	-
all	-	39373	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 11.586 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.4 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.13 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.26 Å	0.23 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.21 Å	0.19 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2184	444	0	222	2850

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	2696
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.585	2.204	3688
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.81	5	282
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.838	24.5	80
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.369	15	468
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.085	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	434
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1767
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1184
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.299	0.2	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	201
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.15	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.29	1.5	1461
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.522	2	2272
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.609	3	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.729	4.5	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.369	122	-
R_work	0.286	2584	-
obs	-	-	94.29 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7588	-0.2927	0.2703	1.1881	-0.4598	2.2089	0.0107	-0.2055	-0.0228	0.1731	-0.0326	-0.0821	0.0242	0.2259	0.0218	-0.078	0.0068	-0.0136	-0.055	0.0125	-0.0662	46.0103	68.6136	29.1753
2	2.7059	-1.6133	-0.1327	2.9274	-0.6457	1.272	0.1069	0.1643	0.1302	-0.0848	-0.1233	-0.2014	-0.0747	0.1437	0.0163	-0.0742	0.0101	0	0.0165	0.0109	-0.0323	57.5685	68.8092	15.448
3	2.0795	0.0738	0.8235	1.1576	0.465	2.657	0.0072	0.2254	0.0867	-0.1767	-0.058	0.0911	0.0113	-0.0369	0.0509	-0.0615	0.0303	-0.0117	-0.0695	-0.0019	-0.0587	26.4816	73.2473	10.5995
4	2.6317	-0.4335	-0.1163	3.3292	0.9733	1.7182	0.0151	-0.1687	-0.0463	0.0597	0.0041	0.0781	0.0316	-0.0432	-0.0192	-0.0396	0.0315	-0.0012	-0.0645	0.0085	-0.0528	16.2685	78.8381	24.4559
5	4.5354	5.4662	2.1228	8.882	4.2818	11.4934	-0.2057	-0.1242	-0.3494	0.2684	0.2484	0.359	0.1425	-0.1654	-0.0427	-0.0565	-0.0149	0.0122	-0.0664	0.0394	-0.0596	39.8379	62.6543	36.7351
6	11.383	-6.7438	2.8999	8.865	-3.8676	7.1056	0.1976	0.6836	0.0926	-0.2826	-0.3577	-0.766	-0.1699	0.2348	0.1602	-0.0477	0.1038	0.0233	0.0773	0.0376	-0.0534	64.323	63.584	9.0415
7	2.0477	0.2706	-0.8269	4.0031	-2.385	7.3349	-0.1497	0.2205	-0.5032	-0.2523	0.0266	-0.2739	0.4767	0.0827	0.123	0.0247	0.0702	-0.0014	-0.0067	-0.0441	-0.0171	30.6163	64.0496	4.4309
8	13.2036	4.9522	3.2707	3.7408	3.2276	11.745	-0.0234	-0.4544	-0.6084	0.8194	0.1958	0.4406	0.5991	-0.0556	-0.1724	0.1121	0.0313	0.0226	0.0627	0.0742	-0.0429	11.4697	75.5532	34.5349

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	E	10 - 81	1 - 72
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	F	12 - 82	3 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	G	10 - 81	1 - 72
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	H	12 - 82	3 - 73
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	A	499 - 505	1 - 7
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	B	500 - 504	2 - 6
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	C	500 - 505	2 - 7
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	D	499 - 503	1 - 5

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	CNS_TOPPAR:protein_rep.param	CNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param	CNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	CNS_TOPPAR:water_rep.param	CNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	CNS_TOPPAR:ion.param	CNS_TOPPAR:ion.top

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関連情報:EMDBヘッダ

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