PDB-2axv: Structure of PrgX Y153C mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2axv

タイトル

Structure of PrgX Y153C mutant

要素

PrgX

キーワード

TRANSCRIPTION / Repressor / pheromone / DNA binding

機能・相同性

機能・相同性情報

transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Enterococcus faecalis (乳酸球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Shi, K. / Brown, C.K. / Gu, Z.Y. / Kozlowicz, B.K. / Dunny, G.M. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: Structure of peptide sex pheromone receptor PrgX and PrgX/pheromone complexes and regulation of conjugation in Enterococcus faecalis.
著者: Shi, K. / Brown, C.K. / Gu, Z.Y. / Kozlowicz, B.K. / Dunny, G.M. / Ohlendorf, D.H. / Earhart, C.A.

履歴

登録	2005年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年12月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2021年10月20日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2axv.cif.gz	244.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2axv.ent.gz	201.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2axv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/2axv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ax/2axv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2aw6C 2awiC 2axuC 2axzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2axu-3 2awi-1 2awi-2 2awi-3 2axu-1 2axu-2 2grm-1 2grm-2 1ea9-d 6tm1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (4)

登録構造単位

A: PrgX

B: PrgX

C: PrgX

D: PrgX

148 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.076, 82.076, 263.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: THR / End label comp-ID: THR / Refine code: 2 / Auth seq-ID: 3 - 296 / Label seq-ID: 3 - 296

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B
3	C	C
4	D	D

#1: タンパク質	PrgX 分子量: 37077.516 Da / 分子数: 4 / 変異: Y153C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04114
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5 詳細: PEG 4000, citrate-phophate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9794 Å
検出器	検出器: CCD / 日付: 2004年3月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→45 Å / Num. all: 47514 / Num. obs: 47514 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
CNS		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.918 / SU B: 20.136 / SU ML: 0.347 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.46 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27962	1792	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23944	-	-	-
obs	0.24156	34518	100 %	-
all	-	37461	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 74.315 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.38 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	-8.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9989	0	0	37	10026

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	10197
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	9273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.708	1.968	13775
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.097	3	21711
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.061	5	1205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.486	24.959	484
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.495	15	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.94	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	11035
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.3	2989
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.3	10364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.206	0.5	5297
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.101	0.5	6321
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.025	0.05	559
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.175	0.3	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.202	0.3	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.031	0.05	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.867	1.5	7666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.115	1.5	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.994	2	9907
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.238	3	4797
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.908	4.5	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1745	tight positional	0.06	0.05
2	B	1745	tight positional	0.08	0.05
3	C	1745	tight positional	0.08	0.05
4	D	1745	tight positional	0.07	0.05
1	A	2926	medium positional	0.6	0.5
2	B	2926	medium positional	0.58	0.5
3	C	2926	medium positional	0.57	0.5
4	D	2926	medium positional	0.6	0.5
1	A	1745	tight thermal	0.1	0.5
2	B	1745	tight thermal	0.1	0.5
3	C	1745	tight thermal	0.09	0.5
4	D	1745	tight thermal	0.1	0.5
1	A	2926	medium thermal	0.52	2
2	B	2926	medium thermal	0.5	2
3	C	2926	medium thermal	0.52	2
4	D	2926	medium thermal	0.51	2

LS精密化シェル

解像度: 3→3.076 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.401	50	-
R_work	0.356	2491	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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