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- PDB-2axe: IODINATED COMPLEX OF ACETYL XYLAN ESTERASE AT 1.80 ANGSTROMS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2axe
タイトルIODINATED COMPLEX OF ACETYL XYLAN ESTERASE AT 1.80 ANGSTROMS
要素ACETYL XYLAN ESTERASE
キーワードHYDROLASE / IODOTYROSINES / ESTERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


acetylxylan esterase / acetylxylan esterase activity / xylan catabolic process / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cutinase / Cutinase/acetylxylan esterase / Cutinase / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetylxylan esterase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Penicillium purpurogenum (菌類)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Ghosh, D. / Erman, M. / Sawicki, M.W. / Lala, P. / Weeks, D.R. / Li, N. / Pangborn, W. / Thiel, D.J. / Jornvall, H. / Eyzaguirre, J.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Determination of a protein structure by iodination: the structure of iodinated acetylxylan esterase.
著者: Ghosh, D. / Erman, M. / Sawicki, M. / Lala, P. / Weeks, D.R. / Li, N. / Pangborn, W. / Thiel, D.J. / Jornvall, H. / Gutierrez, R. / Eyzaguirre, J.
履歴
登録1998年9月1日処理サイト: BNL
改定 1.01999年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ACETYL XYLAN ESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2612
ポリマ－21,1651
非ポリマー961
水1,63991
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)34.900, 61.278, 72.538
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ACETYL XYLAN ESTERASE


分子量: 21165.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Penicillium purpurogenum (菌類) / 参照: UniProt: O59893, acetylesterase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.9 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
pH: 5.3 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Pangborn, W., (1996) Proteons Struct.Funct.Genet., 24, 523.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 mg/mlprotein1drop
250 mMcitrate1drop
313 %satammonium sulfate1drop
433-37 %satammonium sulfate1reservoir
550 mMcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年12月1日
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→99 Å / Num. obs: 15046 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. measured all: 99865

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SHELXモデル構築
SHELX精密化
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 1.8→99 Å / Num. parameters: 6189 / Num. restraintsaints: 6009 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER / 詳細: C-I BONDS WERE NOT RESTRAINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2369 763 5.1 %RANDOM
all0.1733 15003 --
obs0.1768 -99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: MOEWS & KRETSINGER, J.MOL.BIOL.91(1973)201-2
Refine analyzeNum. disordered residues: 2 / Occupancy sum hydrogen: 1182 / Occupancy sum non hydrogen: 1540.2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1422 0 33 91 1546
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.057
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.173 / Rfactor Rwork: 0.1768
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg26.801
X-RAY DIFFRACTIONs_plane_restr1.209

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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