PDB-2awv: NMR Structural Analysis of the dimer of 5MCCTCATCC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2awv

タイトル

NMR Structural Analysis of the dimer of 5MCCTCATCC

要素

5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*C)-3'

キーワード

DNA / i-motif / hemiprotonated CC+ pairs / dimer

機能・相同性

DNA

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Canalia, M. / Leroy, J.-L.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: Structure, internal motions and association-dissociation kinetics of the i-motif dimer of d(5mCCTCACTCC).
著者: Canalia, M. / Leroy, J.-L.

履歴

登録	2005年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月9日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2awv.cif.gz	18.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2awv.ent.gz	12.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2awv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2awv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2awv	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	1q2t 1rme
類似構造データ	1mtx-d 1yva-d 2erl-d 2mwk-d 3tjw-1 4znf-d 1bdw-d 6sab-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*C)-3'

B: 5'-D(*(MCY)P*CP*TP*CP*AP*CP*TP*CP*C)-3'

5.09 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 10	back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: DNA鎖	5'-D((MCY)PCPTPCPAPCPTPCPC)-3' 分子量: 2545.773 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ*: 合成詳細: chemicaly synthetized using the phosphoramidite method

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D NOESY
1	2	1	E-COSY
1	3	1	1H-31P COSY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear and heteronuclear techniques

-
試料調製

詳細	内容: strand concentration: 0.1 to 10mM / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 1 Na / phosphate / pH: 4.5 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Felix	97.2	Hare D.	解析
X-PLOR	3.851	Brunger A	構造決定
MOLMOL	2.4	Koradi,R.,Billeter, M and W trich, K.	データ解析
X-PLOR	3.851		精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: the structure is based on 565 NOE-derived, distance constraints, 17 dihedral angle restraints, 20 distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: back calculated data agree with experimental NOESY spectrum
計算したコンフォーマーの数: 10 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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