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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2awf | ||||||
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タイトル | Structure of human Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G1 | ||||||
要素 | Ubiquitin-conjugating enzyme E2 G1 | ||||||
キーワード | LIGASE / Ubl conjugation pathway / ubiquitin-conjugating enzyme / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...E2 ubiquitin-conjugating enzyme / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K63-linked ubiquitination / protein K48-linked ubiquitination / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin protein ligase binding / extracellular exosome / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Newman, E.M. / Finerty, P. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. ...Walker, J.R. / Avvakumov, G.V. / Xue, S. / Newman, E.M. / Finerty, P. / Mackenzie, F. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Bochkarev, A. / Dhe-Paganon, S. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell Proteomics / 年: 2012 タイトル: A human ubiquitin conjugating enzyme (E2)-HECT E3 ligase structure-function screen. 著者: Sheng, Y. / Hong, J.H. / Doherty, R. / Srikumar, T. / Shloush, J. / Avvakumov, G.V. / Walker, J.R. / Xue, S. / Neculai, D. / Wan, J.W. / Kim, S.K. / Arrowsmith, C.H. / Raught, B. / Dhe-Paganon, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2awf.cif.gz | 39.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2awf.ent.gz | 26.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2awf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2awf_validation.pdf.gz | 426.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2awf_full_validation.pdf.gz | 428.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2awf_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2awf_validation.cif.gz | 9.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2awf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2awf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1y6lC 1yh2C 1yrvC 1zdnC 1zuoC 2a4dC 2a7lC 2f4wC 2ob4C 2qgxC 2z5dC 3bzhC 3cegC 1pzvS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19629.270 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic (UBCc) domain, residues 7-159 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE2G1, UBE2G / プラスミド: PET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P62253, ubiquitin-protein ligase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.37 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 24% PEG3350, 0.2 M MgAc, 0.1 M Tris, pH 7.5, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.97985 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97985 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.01→39.7 Å / Num. all: 13412 / Num. obs: 13412 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 15.5 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 72.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.647 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Num. unique all: 1123 / % possible all: 84.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1PZV 解像度: 2.1→36.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 5.166 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.18 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.808 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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