PDB-2aw5: Crystal structure of a human malic enzyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aw5

タイトル

Crystal structure of a human malic enzyme

要素

NADP-dependent malic enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Rossmann fold / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC

機能・相同性

機能・相同性情報

malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+) / regulation of NADP metabolic process / malic enzyme activity / malate dehydrogenase (decarboxylating) (NADP+) activity / nucleotide biosynthetic process / NFE2L2 regulating TCA cycle genes / oxaloacetate decarboxylase activity / malate metabolic process / NADP+ metabolic process / Pyruvate metabolism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Papagrigoriou, E. / Berridge, G. / Smee, C. / Bray, J. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Oppermann, U. / Gileadi, O. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a human malic enzyme
著者: Papagrigoriou, E. / Berridge, G. / Smee, C. / Bray, J. / Arrowsmith, C. / Edwards, A. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Oppermann, U. / Gileadi, O. / von Delft, F.

履歴

登録	2005年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年9月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aw5.cif.gz	301.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aw5.ent.gz	242.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aw5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2aw5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aw/2aw5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6urf-2 3cnc-d 6ohq-d 6gq3-d 5wcz-d 5zru-d 6w2n-1 7cmi-d 6et3-d 6w29-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NADP-dependent malic enzyme

B: NADP-dependent malic enzyme

C: NADP-dependent malic enzyme

193 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NADP-dependent malic enzyme

登録者が定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: NADP-dependent malic enzyme

C: NADP-dependent malic enzyme

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
129 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.505, 136.963, 117.840
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 121.75, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLY	GLY	GLN	GLN	3	A	A	280 - 551	291 - 562
2	1	1	GLY	GLY	ILE	ILE	3	B	B	280 - 552	291 - 563
3	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	5	A	A	44 - 279	55 - 290
4	2	1	LEU	LEU	ALA	ALA	5	B	B	44 - 279	55 - 290
1	1	2	GLY	GLY	SER	SER	3	A	A	280 - 407	291 - 418
2	1	2	GLY	GLY	SER	SER	3	C	C	280 - 407	291 - 418
3	2	2	CYS	CYS	LEU	LEU	3	A	A	420 - 441	431 - 452
4	2	2	CYS	CYS	LEU	LEU	3	C	C	420 - 441	431 - 452
5	3	2	SER	SER	THR	THR	3	A	A	455 - 547	466 - 558
6	3	2	SER	SER	THR	THR	3	C	C	455 - 547	466 - 558
7	4	2	LEU	LEU	ALA	ALA	5	A	A	44 - 279	55 - 290
8	4	2	LEU	LEU	ALA	ALA	5	C	C	44 - 279	55 - 290
9	5	2	SER	SER	GLN	GLN	5	A	A	407 - 419	418 - 430
10	5	2	SER	SER	GLN	GLN	5	C	C	407 - 419	418 - 430
11	6	2	PRO	PRO	ASN	ASN	5	A	A	442 - 454	453 - 465
12	6	2	PRO	PRO	ASN	ASN	5	C	C	442 - 454	453 - 465

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

The biological assembly is a tetramer generated from the chain A molecule of the asu by the operations (there are three olecules in the asu): ROTATION MATRIX: -1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000 -1.00000 TRANSLATION VECTOR IN AS 62.00893 -0.00001-100.20600, ROTATION MATRIX: -0.23721 -0.72192 -0.65005 -0.77206 -0.26605 0.57719 -0.58963 0.63879 -0.49426 TRANSLATION VECTOR IN AS 43.48327 94.22293 -59.04757, ROTATION MATRIX: 0.30283 -0.76600 0.56705 0.73573 -0.19031 -0.64999 0.60580 0.61403 0.50594 TRANSLATION VECTOR IN AS 93.06689 -18.36662 -46.28003,

#1: タンパク質	NADP-dependent malic enzyme / ME1 / NADP-ME / Malic enzyme 1 分子量: 64466.535 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 15-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 R3 参照: UniProt: P48163, malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP+)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.519791 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: PEG 1K, Glycerol, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月5日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→37.45 Å / Num. all: 71047 / Num. obs: 69400 / % possible obs: 97.8 %
反射シェル	解像度: 2.5→2.64 Å / % possible all: 97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.5→37.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 23.171 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.431 / ESU R Free: 0.279 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2559	3520	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2074	-	-	-
all	0.20984	-	-	-
obs	0.20984	65880	97.68 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.395 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.82 Å²	0 Å²	-3.12 Å²
2-	-	2.28 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.74 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11920	0	0	0	11920

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	12156
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	11122
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.43	1.967	16541
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.91	3	25600
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.965	5	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.739	24.306	497
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.007	15	1879
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.715	15	66
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.228	0.2	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.18	0.2	11618
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.187	0.2	6172
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.089	0.2	7169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.018	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.261	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.186	0.2	82
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.192	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.837	3	8086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.602	3	3249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.06	5	12702
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.406	7	4489
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.723	11	3839
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1570	tight positional	0.05	0.05
2	1402	tight positional	0.09	0.05
1	1389	medium positional	0.38	0.5
2	1533	medium positional	1.01	0.5
1	4084	loose positional	0.47	5
2	4247	loose positional	0.87	5
1	1570	tight thermal	4.91	10
2	1402	tight thermal	4.05	10
1	1389	medium thermal	1	2
2	1533	medium thermal	1.23	2
1	4084	loose thermal	3.51	10
2	4247	loose thermal	3.11	10

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.36	280	-
R_work	0.301	4771	-
obs	-	-	97.28 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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