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- PDB-2avj: G4(Br)UTTG4 dimeric quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2avj
タイトルG4(Br)UTTG4 dimeric quadruplex
要素5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
キーワードDNA / quadruplex / loop
機能・相同性CACODYLATE ION / : / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Hazel, P. / Parkinson, G.N. / Neidle, S.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2006
タイトル: Topology variation and loop structural homology in crystal and simulated structures of a bimolecular DNA quadruplex.
著者: Hazel, P. / Parkinson, G.N. / Neidle, S.
履歴
登録2005年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
E: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,21822
ポリマ－21,3976
非ポリマー82116
水2,792155
1
A: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
B: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,2896
ポリマ－7,1322
非ポリマー1564
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
D: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6029
ポリマ－7,1322
非ポリマー4697
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3287
ポリマ－7,1322
非ポリマー1955
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)31.681, 33.309, 79.234
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*GP*GP*GP*(BRU)P*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3'


分子量: 3566.137 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.03 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs.
結晶化温度: 293.15 K / 手法: under oil evaporation / pH: 6.5
詳細: sodium iodide, sodium cacodylate, PEG 400, pH 6.5, under oil evaporation, temperature 293.15K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1sodium iodide11
2sodium cacodylate11
3PEG 40011
4H2O11
5sodium iodide12
6sodium cacodylate12
7PEG 40012
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 99 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9199 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→39.46 Å / Num. all: 6534 / Num. obs: 6534 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.032 / Χ2: 1.911
反射 シェル解像度: 2.2→2.49 Å / % possible obs: 89.5 % / Rmerge(I) obs: 0.062 / Num. measured obs: 1103 / Χ2: 1.487 / % possible all: 89.5

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
131.5379.7370.921S201
223.50416.309-13.544S200.553
329.5782.933-21.286S200.334
432.201-3.823-39.303S200.318
523.323-0.438-11.829S200.17
631.9799.715-2.814S200.114

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMACrefmac_5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.39→24.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / WRfactor Rfree: 0.288 / WRfactor Rwork: 0.2 / SU B: 9.033 / SU ML: 0.217 / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.305 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used for phasing.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 308 4.83 %RANDOM
Rwork0.1679 ---
all0.172 6377 --
obs0.172 6377 94.586 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.433 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.814 Å20 Å21.292 Å2
2---0.289 Å20 Å2
3---1.171 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→24.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1398 16 155 1569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0211572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.72432436
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.2258
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02756
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3480.2510
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2790.2861
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0770.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.150.212
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57731701
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.0844.52436
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.39-2.4520.471240.22741889.474
2.452-2.5190.328230.20341294.36
2.519-2.5920.218210.18340893.261
2.592-2.6720.238200.18242596.95
2.672-2.7590.271170.17339993.905
2.759-2.8560.287160.18440496.33
2.856-2.9640.239160.17236895.285
2.964-3.0850.25220.1836796.287
3.085-3.2220.31220.15233094.118
3.222-3.3790.245200.13832092.643
3.379-3.5610.231180.15330792.857
3.561-3.7770.171170.14428492.331
3.777-4.0370.146120.14629297.436
4.037-4.3590.18590.14127396.575
4.359-4.7740.224150.14825497.464
4.774-5.3350.133110.13622195.868
5.335-6.1550.16190.18220296.789
6.155-7.5270.28160.1717297.268
7.527-10.5970.21780.22914296.154
10.597-79.0570.73920.4627184.884

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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