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万見
- PDB-2auv: Solution Structure of HndAc : A Thioredoxin-like [2Fe-2S] Ferredo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2auv
タイトルSolution Structure of HndAc : A Thioredoxin-like [2Fe-2S] Ferredoxin Involved in the NADP-reducing Hydrogenase Complex
要素potential NAD-reducing hydrogenase subunit
キーワードOXIDOREDUCTASE / thioredoxin / thiordoxin-like
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrogen dehydrogenase (NADP+) / hydrogen dehydrogenase (NADP+) activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
NADP-reducing hydrogenase subunit HndA / NuoE domain / NADH-quinone oxidoreductase subunit E-like / NADH-quinone oxidoreductase subunit E, N-terminal / Thioredoxin-like [2Fe-2S] ferredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / NADP-reducing hydrogenase subunit HndA
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Nouailler, M. / Morelli, X. / Bornet, O. / Chetrit, B. / Dermoun, Z. / Guerlesquin, F.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2006
タイトル: Solution structure of HndAc: a thioredoxin-like domain involved in the NADP-reducing hydrogenase complex
著者: Nouailler, M. / Morelli, X. / Bornet, O. / Chetrit, B. / Dermoun, Z. / Guerlesquin, F.
履歴
登録2005年8月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02006年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: potential NAD-reducing hydrogenase subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,2622
ポリマ－9,0861
非ポリマー1761
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 potential NAD-reducing hydrogenase subunit


分子量: 9085.789 Da / 分子数: 1 / 断片: Subunit A c-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfovibrio fructosovorans (バクテリア)
プラスミド: pET-hndAc / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q46505, hydrogen dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1212D TOCSY
131DQF-COSY
1433D 15N-separated NOESY
1533D 15N-separated TOCSY
164HNCA-J
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques and 2D/3D heteronuclear techniques

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM oxidized HndAc, 10mM Sodium phosphate buffer (pH 6.0), 100mM NaCl90% H2O/10% D2O
21mM oxidized HndAc99% D2O
31mM oxidized HndAc U-15N, 10mM Sodium phosphate buffer (pH 6.0), 100mM NaCl90% H2O/10% D2O
40.15mM oxidized HndAc U-15N,13c, 10mM Sodium phosphate buffer (pH 6.0), 100mM NaCl90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 10mM Sodium phosphate buffer, 100mM NaCl / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR3brukercollection
XwinNMR3bruker解析
Felix2002accelrysデータ解析
CNS1.1A.T.Brunger, P.D.Adams, G.M.Clore, W.L.Delano, P.Gros, R.W.Grosse-Kunstleve, J.-S.Jiang, J.Kuszewski, M.Nilges, N.S.Pannu, R.J.Read, L.M.Rice, T.Simonson, G.L.Warren構造決定
ARIA1.2JP Linge, SI O'Donoghue and M Nilges構造決定
ARIA1.2JP Linge, SI O'Donoghue and M Nilges精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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