[日本語] English
万見
- PDB-2aum: Active site Ser115Ala mutant of LD-carboxypeptidase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aum
タイトルActive site Ser115Ala mutant of LD-carboxypeptidase
要素hypothetical protein
キーワードHYDROLASE / LD-carboxypeptidase / peptidoglycan hydrolase / serine peptidase / serine-histidine-glutamate triad / nucleophilic elbow
機能・相同性
機能・相同性情報


muramoyltetrapeptide carboxypeptidase / muramoyltetrapeptide carboxypeptidase activity / peptidoglycan turnover / peptidoglycan biosynthetic process / serine-type peptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / proteolysis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 ...Murein tetrapeptidase LD-carboxypeptidase, N-terminal domain / LD-carboxypeptidase A C-terminal domain-like / Peptidase family S66 / LD-carboxypeptidase A, C-terminal domain superfamily / Murein tetrapeptide carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, N-terminal / LD-carboxypeptidase, C-terminal / LD-carboxypeptidase N-terminal domain / LD-carboxypeptidase C-terminal domain / Glucose Oxidase; domain 1 / Class I glutamine amidotransferase-like / 3-Layer(bba) Sandwich / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Murein tetrapeptide carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Korza, H.J. / Bochtler, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Pseudomonas aeruginosa LD-carboxypeptidase, a serine peptidase with a Ser-His-Glu triad and a nucleophilic elbow.
著者: Korza, H.J. / Bochtler, M.
履歴
登録2005年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein
B: hypothetical protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,2432
ポリマ－69,2432
非ポリマー00
水5,585310
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area22460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.455, 77.843, 71.154
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.53, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 hypothetical protein


分子量: 34621.352 Da / 分子数: 2 / 変異: S115A mutation / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / プラスミド: pET15bmod / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9HTZ1, muramoyltetrapeptide carboxypeptidase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: citric acid , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年2月15日 / 詳細: Max-Flux
放射モノクロメーター: Osmic Max-Flux / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→15 Å / Num. all: 21396 / Num. obs: 21396 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル解像度: 2.4→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.226 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 806 / Rsym value: 0.226 / % possible all: 96.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ZRS

1zrs


解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.874 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.875 / SU B: 9.8 / SU ML: 0.226 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.289 / ESU R Free: 0.295 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24723 1082 5.1 %RANDOM
Rwork0.24198 ---
all0.24224 20302 --
obs0.24224 20302 98.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.915 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.28 Å20 Å20.24 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4503 0 0 310 4813
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 82
Rwork0.28 1439

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る