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万見
- PDB-2auk: Structure of E. coli RNA polymerase beta' G/G' insert -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2auk
タイトルStructure of E. coli RNA polymerase beta' G/G' insert
要素DNA-directed RNA polymerase beta' chain
キーワードTRANSFERASE / sandwich-barrel hybrid motif
機能・相同性
機能・相同性情報


submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination ...submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / response to antibiotic / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit ...RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Chlenov, M. / Masuda, S. / Murakami, K.S. / Nikiforov, V. / Darst, S.A. / Mustaev, A.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structure and Function of Lineage-specific Sequence Insertions in the Bacterial RNA Polymerase beta' Subunit
著者: Chlenov, M. / Masuda, S. / Murakami, K.S. / Nikiforov, V. / Darst, S.A. / Mustaev, A.
履歴
登録2005年8月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
B: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
E: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6835
ポリマ－100,6835
非ポリマー00
水8,233457
1
A: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1371
ポリマ－20,1371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1371
ポリマ－20,1371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1371
ポリマ－20,1371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1371
ポリマ－20,1371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1371
ポリマ－20,1371
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
B: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta' chain

A: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
E: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6835
ポリマ－100,6835
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9350 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area42860 Å2
手法PISA
7
E: DNA-directed RNA polymerase beta' chain

A: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
B: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,6835
ポリマ－100,6835
非ポリマー00
水905
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9130 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area43090 Å2
手法PISA
8


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9650 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area42560 Å2
手法PISA
9
E: DNA-directed RNA polymerase beta' chain

B: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4103
ポリマ－60,4103
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation1_656x+1,y,z+11
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4340 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area27080 Å2
手法PISA
10
A: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2732
ポリマ－40,2732
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2560 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area18240 Å2
手法PISA
11
A: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
B: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
C: DNA-directed RNA polymerase beta' chain
D: DNA-directed RNA polymerase beta' chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,5474
ポリマ－80,5474
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7190 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area34360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.030, 95.130, 86.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.06, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細the biological assembly is one monomer of the five chains present in the asymmetric unit

-
要素

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase beta' chain / RNAP beta' subunit / Transcriptase beta' chain / RNA polymerase beta' subunit


分子量: 20136.660 Da / 分子数: 5 / 断片: residues 5-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, tabB / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A8T7, DNA-directed RNA polymerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: CHES/sodium formate/dioxane, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.97156, 0.9794, 0.96384
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.971561
20.97941
30.963841
反射解像度: 2.19→35 Å / Num. obs: 43459

-
解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→35 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.264 3069 random
Rwork0.225 --
obs0.225 38181 -
all-41624 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6849 0 0 457 7306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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