PDB-2aua: Structure of BC2332: A Protein of Unknown Function from Bacillus ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2aua

タイトル

Structure of BC2332: A Protein of Unknown Function from Bacillus cereus

要素

hypothetical protein

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Dimer / Hypothetical Protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribosylation fold / ADP-ribosylation domain / ADP-ribosylation domain / Protein of unknown function DUF2441 / Protein of unknown function (DUF2441) / ADP-ribosylation fold / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of BC2332: A hypothetical protein from Bacillus cereus
著者: Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F.

履歴

登録	2005年8月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2aua.cif.gz	97.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2aua.ent.gz	80.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2aua.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2aua_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2aua_full_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示
XML形式データ	2aua_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	2aua_validation.cif.gz	26.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2aua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2aua	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6zix-d 4biu-1 1yvk-d 5w43-d 3ihy-5 6zj2-2 1hk2-d 5k94-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC25892

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

53.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.222, 76.640, 107.503
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 26584.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q81DM5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.9 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1M Sodium citrate, 1M Ammonium dihydrogen Phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年6月24日 / 詳細: Mirros
放射	モノクロメーター: Si-111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→30 Å / Num. all: 25770 / Num. obs: 24016 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.44 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0003	精密化
SBC-Collect		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
ACRS	(HYSS	位相決定
SHARP		位相決定
直接法		位相決定
ARP		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.35→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 12.952 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.236 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25388	1296	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2038	-	-	-
obs	0.20632	24016	99.33 %	-
all	-	24016	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.097 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.79 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.29 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.5 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3380	0	0	146	3526

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	3544
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.258	1.927	4797
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.956	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.498	25.024	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.299	15	636
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.793	15	19
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	2765
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.233	0.2	1451
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.317	0.2	2366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.247	0.2	114
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.161	1.5	2138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.736	2	3348
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.833	3	1598
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.115	4.5	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.313	95	-
R_work	0.235	1746	-
obs	-	-	99.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5746	0.5249	-0.4847	1.4725	-4.1679	14.3833	1.1447	0.6174	-1.0066	-0.7029	-0.7417	0.2772	1.7282	2.6053	-0.403	0.4204	0.3625	-0.1959	0.1918	-0.1178	0.2065	-16.7762	45.9455	50.1338
2	5.8524	3.8319	-1.3629	5.2067	1.743	8.9046	0.0015	-0.8793	0.5539	0.1382	-0.0294	0.2985	-0.3934	-0.0111	0.0278	-0.1194	-0.0423	-0.0064	-0.0376	0.0681	-0.1481	6.0229	60.4442	66.469
3	1.2274	0.336	0.2255	4.2654	-1.3004	2.599	-0.1101	-0.0871	0.0574	-0.0701	-0.1136	-0.0677	-0.1539	0.0587	0.2237	-0.227	0.0176	-0.0383	-0.1895	0.009	-0.2109	13.1061	70.2314	44.7318
4	6.1616	2.9924	0.4066	4.8801	-0.0436	6.6359	-0.4518	0.8197	0.0724	-0.5958	0.234	-0.6555	-0.0132	0.2427	0.2178	-0.0207	-0.1591	-0.0663	-0.0398	0.0592	-0.0908	3.3383	60.8328	13.8364
5	4.8419	1.0452	1.2066	1.6641	0.0348	2.2006	-0.2177	-0.171	0.3014	-0.1749	-0.0714	0.0121	-0.1688	0.1095	0.2891	-0.1443	0.0032	-0.0426	-0.2309	0.0362	-0.193	13.2724	69.9943	35.2318

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	-19 - 4	5 - 28
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	5 - 28	29 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	106 - 147	130 - 171
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	176 - 195	200 - 219
5	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	29 - 105	53 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	148 - 171	172 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	5 - 28	29 - 52
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	106 - 147	130 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	176 - 195	200 - 219
10	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	29 - 105	53 - 129
11	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	148 - 171	172 - 195

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