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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2au5 | ||||||
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タイトル | Structure of a conserved domain from locus EF2947 from Enterococcus faecalis V583 | ||||||
要素 | conserved domain protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Enterococcus faecalis / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | EF2947-like / Protein of unknown function DUF3206 / EF2947-like superfamily / Protein of unknown function (DUF3206) / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Cuff, M.E. / Moy, S. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Structure of a conserved domain from locus EF2947 from Enterococcus faecalis V583 著者: Cuff, M.E. / Moy, S. / Mulligan, R. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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Remark 300 | BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). ...BIOMOLECULE: THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 1 CHAIN(S). THE BIOLOGICAL MOLECULE FOR THE PROTEIN IS UNKNOWN. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2au5.cif.gz | 38.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2au5.ent.gz | 30.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2au5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2au5_validation.pdf.gz | 441.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2au5_full_validation.pdf.gz | 442.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2au5_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2au5_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2au5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/2au5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16224.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: V583 / 遺伝子: EF2947 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q82ZV0 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.8 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 1K, imidazole, calcium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97956, 0.97973 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月22日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.1→43 Å / Num. all: 7557 / Num. obs: 7557 / % possible obs: 97.58 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / % possible all: 99.66 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→35.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 11.386 / SU ML: 0.156 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.283 / ESU R Free: 0.248 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.885 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→35.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.9109 Å / Origin y: 16.0003 Å / Origin z: 9.4113 Å
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