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- PDB-2ate: Structure of the complex of PurE with NitroAIR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ate
タイトルStructure of the complex of PurE with NitroAIR
要素Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
キーワードLYASE / PurE / nitroAIR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Class I PurE / PurE, prokaryotic type / PurE domain / AIR carboxylase / AIR carboxylase / Rossmann fold - #1970 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NIA / N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Kappock, T.J. / Mathews, I.I. / Zaugg, J.B. / Peng, P. / Hoskins, A.A. / Okamoto, A. / Ealick, S.E. / Stubbe, J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007
タイトル: N5-CAIR mutase: role of a CO2 binding site and substrate movement in catalysis.
著者: Hoskins, A.A. / Morar, M. / Kappock, T.J. / Mathews, I.I. / Zaugg, J.B. / Barder, T.E. / Peng, P. / Okamoto, A. / Ealick, S.E. / Stubbe, J.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of Escherichia coli PurE, an unusual mutase in the purine biosynthetic pathway.
著者: Mathews, I.I. / Kappock, T.J. / Stubbe, J. / Ealick, S.
#2: ジャーナル: Curr.Opin.Chem.Biol. / 年: 2000
タイトル: Modular evolution of the purine biosynthetic pathway.
著者: Kappock, T.J. / Ealick, S.E. / Stubbe, J.
履歴
登録2005年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年8月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,3742
ポリマ－18,0341
非ポリマー3401
水2,756153
1
A: Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,99116
ポリマ－144,2708
非ポリマー2,7218
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation5_554-x,y,-z-11
crystal symmetry operation6_554x,-y,-z-11
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-11
Buried area37650 Å2
ΔGint-160 kcal/mol
Surface area40140 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)112.495, 112.495, 49.796
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

21A-533-

HOH

31A-553-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Phosphoribosylaminoimidazole carboxylase catalytic subunit / AIR carboxylase / AIRC


分子量: 18033.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: purE / プラスミド: PNC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (DE3)
参照: UniProt: P0AG18, phosphoribosylaminoimidazole carboxylase
#2: 化合物 ChemComp-NIA / ((2R,3S,4R,5R)-5-(5-AMINO-4-NITRO-1H-IMIDAZOL-1-YL)-3,4-DIHYDROXYTETRAHYDROFURAN-2-YL)METHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / 4-NITRO-5-AMINOIMIDAZOLE RIBONUCLEOTIDE / NITRO AIR


分子量: 340.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13N4O9P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 153 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG400, magnesium chloride, Tris.Hcl., pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X12C / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS / 検出器: CCD / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: Si 111 Channel-cut / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→30 Å / Num. all: 13604 / Num. obs: 13604 / % possible obs: 89.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.249 / % possible all: 69.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QCZ

1qcz


解像度: 1.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.391 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20232 667 5.1 %RANDOM
Rwork0.14897 ---
all0.20232 13024 --
obs0.15163 12357 86.06 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 14.888 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.62 Å20 Å20 Å2
2---0.62 Å20 Å2
3---1.23 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1197 0 22 153 1372
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221244
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8181.9751699
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.88532664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4425161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.8924.58348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.99615190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.983156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2198
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021400
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02227
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1740.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.2605
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0850.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1580.289
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0790.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2060.266
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1110.216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1571.5993
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2781.5330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3321286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2643478
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2954.5413
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.18 37 -
Rwork0.174 597 -
obs--57.17 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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