+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2at5 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | 1.22 A Crystal Structure Of Nitrophorin 4 From Rhodnius Prolixus Containing Fe(III) Deuteroporphyrin IX Complexed With Nitric Oxide at pH 5.6 | ||||||
要素 | Nitrophorin 4 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Lipocalin / beta barrel / ferrous / heme analog / Fe(III) Deuteroporphyrin IX / nitric oxide | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.22 Å | ||||||
データ登録者 | Amoia, A.M. / Montfort, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Heme distortion in nitrophorin 4: high resolution structures of mutated positions L123V and L133V and heme altered proteins 著者: Amoia, A.M. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
| ||||||
Remark 600 | HETEROGEN Fe(III) Deuteroporphyrin IX is disordered by a rotation of 180 degrees around the CHA-Fe- ...HETEROGEN Fe(III) Deuteroporphyrin IX is disordered by a rotation of 180 degrees around the CHA-Fe-CHC axis which is reflected in conformation A and conformation B of the ligand. Nitric oxide occupies the sixth coordination position of the Fe(III) Deuteroporphyrin IX. |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2at5.cif.gz | 113.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb2at5.ent.gz | 86.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2at5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2at5_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 2at5_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 2at5_validation.xml.gz | 13.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2at5_validation.cif.gz | 20.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/2at5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/2at5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| |||||||||||||||
詳細 | The biological assembly is a monomer consisting of chain X and the Fe(III) Deuteroporphyrin IX, and can be generated by the identity operation: x,y,z |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q94734 |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-PO4 / |
#3: 化合物 | ChemComp-FDE / |
#4: 化合物 | ChemComp-NO / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.79 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: ammonium phosphate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300.0K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月30日 / 詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coating) |
放射 | モノクロメーター: Bent Ge(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.22→20.38 Å / Num. obs: 44702 / % possible obs: 95.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.93 % / Biso Wilson estimate: 11.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 24.3 / Scaling rejects: 4036 |
反射 シェル | 解像度: 1.22→1.26 Å / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 5.74 % / Rmerge(I) obs: 0.18 / Mean I/σ(I) obs: 10.6 / Num. measured obs: 48 / Num. unique all: 4462 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 95.8 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB entry 1X8O 解像度: 1.22→20.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 0.984 / SU ML: 0.02 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.041 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: Anisotropic refinement reduced Free R. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 7.583 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.45 Å / Luzzati d res low obs: 4.44 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.22→20.38 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.22→1.252 Å / Total num. of bins used: 20
|