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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2asn | ||||||
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タイトル | Crystal structure of D1A mutant of nitrophorin 2 complexed with imidazole | ||||||
要素 | Nitrophorin 2 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / beta barrel / lipocalin / ferric heme / imidazole | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rhodnius prolixus (カメムシ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Weichsel, A. / Berry, R.E. / Walker, F.A. / Montfort, W.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structures, ligand induced conformational change and heme deformation in complexes of nitrophorin 2, a nitric oxide transport protein from rhodnius prolixus 著者: Weichsel, A. / Berry, R.E. / Walker, F.A. / Montfort, W.R. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: The crystal structure of nitrophorin 2 著者: Andersen, J.F. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2asn.cif.gz | 55.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2asn.ent.gz | 38.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2asn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/2asn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/2asn | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19905.186 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 25-202 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhodnius prolixus (カメムシ) / プラスミド: pET17B / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q26241 |
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / |
#3: 化合物 | ChemComp-IMD / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.47 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.1808 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年7月31日 / 詳細: bent Si-mirror |
放射 | モノクロメーター: diamond (111) double-crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1808 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→16.3 Å / Num. all: 13482 / Num. obs: 13482 / % possible obs: 73.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 8.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 4.7 / Num. unique all: 544 / Rsym value: 0.138 / % possible all: 38 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: PDB ENTRY 1PEE 解像度: 1.7→16.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 1.899 / SU ML: 0.065 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 10.071 Å2
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Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.171 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→16.3 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
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