PDB-2arj: CD8alpha-alpha in complex with YTS 105.18 Fab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2arj

タイトル

CD8alpha-alpha in complex with YTS 105.18 Fab

要素

T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain
YTS 105.18 antigen binding region Heavy chain
YTS 105.18 antigen binding region Light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Protein-protein complex / Antibody Fab / Immunoglobulin domain

機能・相同性

機能・相同性情報

cytotoxic T cell differentiation / T cell mediated immunity / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of calcium-mediated signaling / T cell activation / calcium-mediated signaling / T cell receptor signaling pathway / defense response to virus / adaptive immune response / receptor complex ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Shore, D.A. / Teyton, L. / Dwek, R.A. / Rudd, P.M. / Wilson, I.A.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Crystal structure of the TCR co-receptor CD8alphaalpha in complex with monoclonal antibody YTS 105.18 Fab fragment at 2.88 A resolution.
著者: Shore, D.A. / Teyton, L. / Dwek, R.A. / Rudd, P.M. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2005年8月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2006年5月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2023年8月23日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2arj.cif.gz	215.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2arj.ent.gz	173.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2arj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/2arj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/2arj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1acyS 1bqhS 1akj 1cd8 1nez 1q69 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tru-1 6p4b-2 5x8l-3 4bz2-d 6cbv-d 6j6y-1 6rp8-2 1x1b-2 5mo9-d 6p4a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #63 - 2005年3月 T細胞受容体 (T-Cell Receptor) 類似性 (2) #62 - 2005年2月主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex) 類似性 (1) #182 - 2015年2月インスリン受容体 (Insulin receptor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
類似性 (2)
#256 - 2021年4月
SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies)
類似性 (1)
#63 - 2005年3月
T細胞受容体 (T-Cell Receptor)
類似性 (2)
#62 - 2005年2月
主要組織適合性複合体 (Major Histocompatibility Complex)
類似性 (1)
#182 - 2015年2月
インスリン受容体 (Insulin receptor)
類似性 (1)

登録構造単位

L: YTS 105.18 antigen binding region Light chain

H: YTS 105.18 antigen binding region Heavy chain

A: YTS 105.18 antigen binding region Light chain

B: YTS 105.18 antigen binding region Heavy chain

R: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

Q: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

121 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: YTS 105.18 antigen binding region Light chain

H: YTS 105.18 antigen binding region Heavy chain

Q: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

登録者が定義した集合体
60.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: YTS 105.18 antigen binding region Light chain

B: YTS 105.18 antigen binding region Heavy chain

R: T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain

登録者が定義した集合体
60.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.344, 107.135, 131.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	L
2	1	A
1	2	L
2	2	A
1	3	B
2	3	H
1	4	B
2	4	H
1	5	R
2	5	Q

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	ARG	ARG	3	L	A	1 - 108	1 - 108
2	1	ASP	ASP	ARG	ARG	3	A	C	1 - 108	1 - 108
1	2	ALA	ALA	ARG	ARG	3	L	A	109 - 211	109 - 211
2	2	ALA	ALA	ARG	ARG	3	A	C	109 - 211	109 - 211
1	3	GLN	GLN	THR	THR	3	B	D	1 - 110	1 - 114
2	3	GLN	GLN	THR	THR	3	H	B	1 - 110	1 - 114
1	4	ALA	ALA	PRO	PRO	3	B	D	111 - 213	115 - 202
2	4	ALA	ALA	PRO	PRO	3	H	B	111 - 213	115 - 202
1	5	ALA	ALA	VAL	VAL	2	R	E	4 - 122	4 - 122
2	5	ALA	ALA	VAL	VAL	2	Q	F	4 - 122	4 - 122

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5

#1: 抗体	YTS 105.18 antigen binding region Light chain 分子量: 23413.027 Da / 分子数: 2 / 断片: YTS 105.18 Fab Light Chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 株: Y3 myeloma
#2: 抗体	YTS 105.18 antigen binding region Heavy chain 分子量: 22971.666 Da / 分子数: 2 / 断片: YTS 105.18 Fab Heavy Chain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 細胞株: Hybridoma / 株: Y3 myeloma / 参照: UniProt: Q5M839
#3: タンパク質	T-cell surface glycoprotein CD8 alpha chain / T-cell surface glycoprotein Lyt-2 分子量: 13957.014 Da / 分子数: 2 / 断片: CD8alpha-alpha / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd8a, Lyt-2, Lyt2 / プラスミド: pMT 発現宿主: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 株 (発現宿主): SC2 cells / 参照: UniProt: P01731
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.2 %
結晶化	温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.1 詳細: 20% PEG 3,000, 0.1M Sodium Acetate, pH 5.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 299K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年1月31日 / 詳細: Direct coupling
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.88→49.629 Å / Num. all: 27040 / Num. obs: 26797 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 66.237 Å² / R_merge(I) obs: 0.154 / R_sym value: 0.154 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.884→3 Å / R_merge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 1775 / Num. unique all: 2532 / R_sym value: 0.69 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1ACY for YTS 105.18 Fab, PDB Entry: 1BQH for CD8 component

1acy

1bqh

解像度: 2.88→49 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.914 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.862 / SU B: 41.04 / SU ML: 0.351 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.468 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27709	1346	5 %	RANDOM
R_work	0.22041	-	-	-
all	0.22326	26749	-	-
obs	0.22326	25403	98.37 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.869 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.6 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.91 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.31 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.468 Å	0.351 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.88→49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8322	0	0	12	8334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	8532
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.684	1.949	11623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.765	5	1067
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.963	24.435	345
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.978	15	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.768	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	1313
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	6422
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.239	0.2	3639
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	5735
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.231	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.237	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.351	3	5448
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2	5	8738
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.148	8	3523
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.85	11	2885

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	L	432	tight positional	0.07	0.05
2	L	412	tight positional	0.05	0.05
3	B	456	tight positional	0.04	0.05
4	B	392	tight positional	0.33	0.05
5	R	460	tight positional	0.11	0.05
5	R	457	medium positional	0.48	0.5
1	L	417	loose positional	0.44	5
2	L	386	loose positional	0.18	5
3	B	428	loose positional	0.33	5
4	B	317	loose positional	0.4	5
1	L	432	tight thermal	0.1	0.5
2	L	412	tight thermal	0.11	0.5
3	B	456	tight thermal	0.1	0.5
4	B	392	tight thermal	0.26	0.5
5	R	460	tight thermal	1.1	0.5
5	R	457	medium thermal	1.1	2
1	L	417	loose thermal	2.6	10
2	L	386	loose thermal	2.67	10
3	B	428	loose thermal	2.62	10
4	B	317	loose thermal	2.73	10

LS精密化シェル

解像度: 2.884→2.959 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.394	87	-
R_work	0.351	1609	-
obs	-	-	85.79 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.43	0.6726	-1.4183	3.9135	-1.3529	1.074	0.0737	-0.3595	0.3395	0.577	-0.0385	0.2212	-0.3257	-0.1554	-0.0351	0.1102	0.0637	0.02	-0.1305	-0.0606	-0.1678	67.9764	49.9908	23.2239
2	2.2306	-0.1381	0.9248	3.2516	-0.5974	3.4061	0.0057	0.2036	-0.2983	-0.2769	0.0047	0.0032	0.4165	0.2398	-0.0104	-0.1079	0.0305	0.0068	-0.1798	-0.0715	-0.1976	78.5715	106.1082	-18.4159
3	3.2942	-1.1006	1.2221	3.7995	-0.6153	2.4926	0.0789	0.01	0.1919	0.312	-0.013	-0.5181	-0.0437	0.3122	-0.0658	-0.1359	-0.0761	-0.0339	-0.1798	-0.04	-0.1133	86.2881	42.0689	13.2258
4	6.3475	0.6283	0.9159	2.0997	-0.003	3.8192	-0.2399	0.4003	-0.0286	0.2093	0.1371	0.0976	0.0128	-0.0591	0.1028	-0.2221	0.0546	0.0077	-0.2251	0.0223	-0.1866	70.3544	15.5456	16.8479
5	0.2918	-0.432	0.8511	2.8025	0.2145	3.4871	0.0614	-0.0061	-0.005	0.2703	-0.0675	-0.3637	0.2112	0.5198	0.0061	-0.2132	0.0458	0.0188	-0.0877	-0.0007	-0.1455	87.9911	114.1213	0.09
6	7.5263	-1.3039	2.8461	3.5947	-1.1597	4.8237	0.0837	-0.3583	0.2117	0.1056	0.0554	0.3939	-0.4054	-0.6213	-0.139	-0.1357	-0.0717	0.1215	-0.0872	-0.022	-0.1486	74.6006	139.8649	-11.1085
7	2.6925	1.2494	0.455	5.6578	0.3754	2.6507	0.041	0.4638	0.4205	-0.2946	-0.037	0.0578	-0.2989	0.2308	-0.004	-0.1489	0.0187	-0.0132	-0.0582	0.0732	-0.116	77.3939	143.1047	-26.4721
8	1.8498	-0.6172	-0.5499	3.8946	-1.0003	1.24	0.1057	-0.2445	0.101	0.2195	0.0425	-0.2285	-0.0953	0.0243	-0.1482	-0.1375	0.0234	0.0036	-0.1221	0.04	-0.2083	64.0346	13.4249	31.4629
9	3.253	-1.043	-0.2138	4.1276	-0.2618	4.6844	0.1932	0.2215	0.2506	0.0497	-0.1082	0.0613	-0.2038	-0.1113	-0.085	0.1584	-0.0979	-0.0262	-0.1482	0.0921	0.1388	78.7277	66.8513	-0.5026
10	3.4433	1.4271	0.0479	3.2173	0.3925	4.1326	0.1193	-0.2114	-0.1393	0.498	-0.0378	0.4463	0.2626	-0.3581	-0.0815	0.3404	0.026	0.0738	-0.0951	0.0643	0.1605	76.2571	88.2431	7.1771

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	C	1 - 108	1 - 108
2	X-RAY DIFFRACTION	2	L	A	1 - 108	1 - 108
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	D	1 - 110	1 - 114
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	D	111 - 213	115 - 202
5	X-RAY DIFFRACTION	5	H	B	1 - 110	1 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	H	B	111 - 213	115 - 202
7	X-RAY DIFFRACTION	7	L	A	109 - 211	109 - 211
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	C	109 - 211	109 - 211
9	X-RAY DIFFRACTION	9	R	E	4 - 122	4 - 122
10	X-RAY DIFFRACTION	10	Q	F	4 - 122	4 - 122

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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+
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