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- PDB-2ari: Solution structure of micelle-bound fusion domain of HIV-1 gp41 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ari
タイトルSolution structure of micelle-bound fusion domain of HIV-1 gp41
要素Envelope polyprotein GP160
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / gp41 / fusion / membrane / protein / micelle / virus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell periphery / CD4 receptor binding / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing ...host cell periphery / CD4 receptor binding / Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / protein-containing complex binding / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160 / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics
データ登録者Jaroniec, C.P. / Kaufman, J.D. / Stahl, S.J. / Viard, M. / Blumenthal, R. / Wingfield, P.T. / Bax, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structure and Dynamics of Micelle-Associated Human Immunodeficiency Virus gp41 Fusion Domain.
著者: Jaroniec, C.P. / Kaufman, J.D. / Stahl, S.J. / Viard, M. / Blumenthal, R. / Wingfield, P.T. / Bax, A.
履歴
登録2005年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月9日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope polyprotein GP160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,8781
ポリマ－3,8781
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 30all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1best agreement with measured residual dipolar couplings

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Envelope polyprotein GP160


分子量: 3878.343 Da / 分子数: 1
断片: 30 N-terminal residues, Transmembrane glycoprotein (GP41)
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
属: Lentivirus / 遺伝子: ENV / プラスミド: pET28a(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03376, UniProt: P03375*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO; 3D HNCA; 3D HN(CO)CA; 3D HN(CA)CB; 2D HNCG
2223D 15N-separated TOCSY; 3D 15N-separated NOESY; 3D HNHA
1332D IPAP-HSQC JNH; 3D HNCO JNH; 3D QJ-HNCO JNCO; 3D HNCO JCOCA; 3D HN(CO)CA JCACB
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Residual dipolar couplings were measured for a peptide-micelle complex aligned with respect to the magnetic field using a ...Text: The structure was determined using triple-resonance NMR spectroscopy. Residual dipolar couplings were measured for a peptide-micelle complex aligned with respect to the magnetic field using a stretched polyacryamide gel.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM HIV-1 gp41 fusion domain U-2H, 13C, 15N; 75 mM sodium dodecyl sulfate; 25 mM sodium phosphate buffer pH 6.5; 0.05% (w/v) sodium azide; 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
20.7 mM HIV-1 gp41 fusion domain U-15N; 75 mM sodium dodecyl sulfate deuterated; 25 mM sodium phosphate buffer pH 6.5; 0.05% (w/v) sodium azide; 93% H2O, 7% D2O93% H2O/7% D2O
30.7 mM HIV-1 gp41 fusion domain U-2H, 13C, 15N; 75 mM sodium dodecyl sulfate; 25 mM sodium phosphate buffer pH 6.5; 0.05% (w/v) sodium azide; 93% H2O, 7% D2O; sample aligned with respect to the magnetic field using a stretched polyacryalmide gel93% H2O/7% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
175 mM sodium dodecyl sulfate; 25 mM sodium phosphate; 0.05% (w/v) sodium azide 6.5ambient 298 K
275 mM sodium dodecyl sulfate deuterated; 25 mM sodium phosphate; 0.05% (w/v) sodium azide 6.5ambient 298 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DMXBrukerDMX7503
Bruker DRXBrukerDRX8004

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Brukercollection
XwinNMR3.5Brukercollection
NMRPipe2.3Delaglio解析
NMRPipe2.3Delaglioデータ解析
Sparky3.11Goddardデータ解析
X-PLOR-NIH2.9.4Schwieters精密化
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 192 restraints. 57 are residual dipolar coupling (RDC) restraints, 74 are NOE-derived distance restraints, 38 are TALOS-derived loose (minimum +/- 30 ...詳細: The structures are based on a total of 192 restraints. 57 are residual dipolar coupling (RDC) restraints, 74 are NOE-derived distance restraints, 38 are TALOS-derived loose (minimum +/- 30 degrees from target value) dihedral angle restraints, and 23 are 3J_HNHA restraints. Note that RDC restraints were included only for the least mobile residues Ile-4 to Met-19 (with S2 > 0.65), dihedral restraints were included for residues Ile-4 to Ala-22, NOE and 3J_HNHA restraints were included for residues Val-2 to Met-24. Also note that the residue index in PDB and constraints files is such that HIV-1 gp41 fusion domain residue i is actually labeled as i+1.
代表構造選択基準: best agreement with measured residual dipolar couplings
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 30 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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