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- PDB-2aqx: Crystal Structure of the Catalytic and CaM-Binding domains of Ino... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aqx
タイトルCrystal Structure of the Catalytic and CaM-Binding domains of Inositol 1,4,5-Trisphosphate 3-Kinase B
要素PREDICTED: inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase B
キーワードTRANSFERASE / IP3K / ITPKB / IP3-3K / IP3-3KB / inositol / kinase / IP3 / Calmodulin binding
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neutrophil apoptotic process / thymic T cell selection / inositol-trisphosphate 3-kinase / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / inositol trisphosphate metabolic process / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / inositol phosphate biosynthetic process ...negative regulation of neutrophil apoptotic process / thymic T cell selection / inositol-trisphosphate 3-kinase / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / inositol trisphosphate metabolic process / inositol hexakisphosphate kinase activity / inositol-1,4,5-trisphosphate 3-kinase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの / inositol phosphate biosynthetic process / negative regulation of myeloid cell differentiation / common myeloid progenitor cell proliferation / positive thymic T cell selection / positive regulation of Ras protein signal transduction / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / myeloid cell homeostasis / phosphatidylinositol phosphate biosynthetic process / T cell differentiation / cellular response to calcium ion / regulation of protein phosphorylation / MAPK cascade / kinase activity / cell surface receptor signaling pathway / calmodulin binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase / Inositol polyphosphate kinase superfamily / Inositol polyphosphate kinase / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Kinase / Inositol-trisphosphate 3-kinase B
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chamberlain, P.P. / Sandberg, M.L. / Sauer, K. / Cooke, M.P. / Lesley, S.A. / Spraggon, G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Structural insights into enzyme regulation for inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase B
著者: Chamberlain, P.P. / Sandberg, M.L. / Sauer, K. / Cooke, M.P. / Lesley, S.A. / Spraggon, G.
履歴
登録2005年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PREDICTED: inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase B
B: PREDICTED: inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9748
ポリマ－66,8632
非ポリマー1,1126
水1,78399
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5220 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area27150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.204, 60.655, 56.851
Angle α, β, γ (deg.)59.90, 72.74, 88.18
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 PREDICTED: inositol 1,4,5-trisphosphate 3-kinase B


分子量: 33431.312 Da / 分子数: 2 / 断片: CaM-binding domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P42335, UniProt: B2RXC2*PLUS, inositol-trisphosphate 3-kinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 3350, Magnesium Chloride, HEPES, ATP, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月21日
放射モノクロメーター: Double-crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 20323 / Num. obs: 19368 / % possible obs: 95.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 83.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / SU B: 17.62 / SU ML: 0.264 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.357 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.268 979 5.1 %RANDOM
Rwork0.18447 ---
all0.18923 19368 --
obs0.18876 18227 95.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.853 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1 Å2-1.16 Å21.53 Å2
2---0.28 Å21.8 Å2
3----2.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4672 0 66 99 4837
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0224831
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6771.9786511
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg9.0665573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.41423.966232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.08415908
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9661538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1280.2685
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023610
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.240.22397
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3120.23244
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2215
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0990.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.259
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.721.52958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23724630
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.79932146
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9364.51881
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 61 -
Rwork0.234 1172 -
obs--82.42 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.53320.16070.37490.6220.23681.3520.0448-0.0477-0.02890.0099-0.06150.11820.1219-0.1170.0167-0.0209-0.00650.0143-0.02870.0006-0.0172-9.65341.547125.382
21.2439-0.44720.77310.8032-0.63011.21730.0114-0.06580.1349-0.0389-0.1173-0.14760.011-0.01780.1059-0.01370.01180.0045-0.02880.0213-0.006327.356447.452951.8884
32.0029-1.5432-1.17433.871-0.741610.23160.0658-0.06420.3986-0.3383-0.2903-0.3349-0.3013-0.03570.2245-0.05930.0236-0.0312-0.09460.0123-0.1067-14.535440.2411-2.7823
41.30070.9463-1.60820.85640.322315.25490.3504-0.4755-0.13950.5745-1.00450.05150.0340.63840.6540.2091-0.1512-0.08970.24740.0776-0.030235.427736.638681.891
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA651 - 7592 - 110
2X-RAY DIFFRACTION1AA803 - 937154 - 288
3X-RAY DIFFRACTION2BB651 - 7592 - 110
4X-RAY DIFFRACTION2BB803 - 937154 - 288
5X-RAY DIFFRACTION3AA760 - 802111 - 153
6X-RAY DIFFRACTION4BB760 - 802111 - 153

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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