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- PDB-2apo: Crystal Structure of the Methanococcus jannaschii Cbf5 Nop10 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2apo
タイトルCrystal Structure of the Methanococcus jannaschii Cbf5 Nop10 Complex
要素
  • Probable tRNA pseudouridine synthase B
  • Ribosome biogenesis protein Nop10
キーワードIsomerase/RNA binding protein / Protein-Protein complex / Box H/ACA / snoRNP / Pseudouridine synthase / RNA modification / Zinc ribbon / PUA domain / Isomerase-RNA binding protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / snoRNA binding ...tRNA pseudouridine55 synthase / tRNA pseudouridine(55) synthase activity / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / pseudouridine synthesis / tRNA pseudouridine synthesis / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / pseudouridine synthase activity / snoRNA binding / rRNA processing / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-Beta Plaits - #3190 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily ...Alpha-Beta Plaits - #3190 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B, archaeal / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit Nop10 , archaeal-type / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / PUA domain / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4 / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / Rubrerythrin, domain 2 / PUA-like superfamily / Single Sheet / Roll / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Ribosome biogenesis protein Nop10 / Probable tRNA pseudouridine synthase B
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Hamma, T. / Reichow, S.L. / Varani, G. / Ferre-D'Amare, A.R.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: The Cbf5-Nop10 complex is a molecular bracket that organizes box H/ACA RNPs.
著者: Hamma, T. / Reichow, S.L. / Varani, G. / Ferre-D'Amare, A.R.
履歴
登録2005年8月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable tRNA pseudouridine synthase B
B: Ribosome biogenesis protein Nop10
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5675
ポリマ－48,4232
非ポリマー1443
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2670 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.289, 63.189, 67.896
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

K

21A-692-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Probable tRNA pseudouridine synthase B / tRNA pseudouridine 55 synthase / Psi55 synthase / tRNA-uridine isomerase / tRNA pseudouridylate synthase


分子量: 41087.637 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: truB / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: Q57612, 異性化酵素; 分子内転位酵素; ムターゼ; その他の基を移すもの
#2: タンパク質 Ribosome biogenesis protein Nop10


分子量: 7335.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
遺伝子: NOP10 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P81303
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.88 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.8
詳細: 2-propanol, PEG 4000, sodium citrate, potassium chloride, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.957, 0.9798
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月10日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9571
20.97981
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 33829 / Num. obs: 35760 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 5.15 / Observed criterion σ(I): 26.5 / Biso Wilson estimate: 20 Å2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 70.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→49.17 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 2097768.11 / Data cutoff high rms absF: 2097768.11 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 3377 10 %RANDOM
Rwork0.202 ---
all0.23 33829 --
obs0.202 35760 94.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.0258 Å2 / ksol: 0.411424 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.72 Å20 Å23.82 Å2
2--5.8 Å20 Å2
3----0.08 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.22 Å0.19 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2841 0 3 175 3019
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it3.051.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.972
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.822
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it6.632.5
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.298 431 9.7 %
Rwork0.261 3998 -
obs--74.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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