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- PDB-2ao9: Structural Genomics, The crystal structure of a Phage protein (ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ao9
タイトルStructural Genomics, The crystal structure of a Phage protein (phBC6A51) from Bacillus cereus ATCC 14579
要素Phage protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / nine-fold NCS. / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性Homeodomain, phBC6A51-type / Helix-turn-helix of insertion element transposase / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Phage protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus cereus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhang, R. / Joachimiak, G. / Collart, F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a Phage protein (phBC6A51) from Bacillus cereus ATCC 14579
著者: Zhang, R. / Joachimiak, G. / Collart, F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2005年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage protein
B: Phage protein
C: Phage protein
D: Phage protein
E: Phage protein
F: Phage protein
G: Phage protein
H: Phage protein
I: Phage protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,8449
ポリマ－160,8449
非ポリマー00
水17,493971
1
A: Phage protein
B: Phage protein
C: Phage protein
D: Phage protein
E: Phage protein
F: Phage protein
G: Phage protein
H: Phage protein
I: Phage protein

A: Phage protein
B: Phage protein
C: Phage protein
D: Phage protein
E: Phage protein
F: Phage protein
G: Phage protein
H: Phage protein
I: Phage protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)321,68718
ポリマ－321,68718
非ポリマー00
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area78210 Å2
ΔGint-473 kcal/mol
Surface area83550 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)114.016, 150.481, 99.975
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細The deposited structure represents the nonamer in the asymmetric unit. The biological assembly is two nonamers. The second nonamer is genarated by the two fold acis: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質
Phage protein / Bacteriophage phBC6A51


分子量: 17871.504 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 14579 / プラスミド: PDM68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q81ES4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 971 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.26M (NH)4SO4, 0.1M CHES. 0.2M NaCl, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9798 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年10月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 135664 / Num. obs: 134863 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 30.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 22.76
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 25899 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→39.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 5.433 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.125 / ESU R Free: 0.122 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23581 6772 5 %RANDOM
Rwork0.20494 ---
all0.2065 128540 --
obs0.2065 128090 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.437 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.43 Å20 Å20 Å2
2---0.72 Å20 Å2
3----0.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.32 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.26 Å0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→39.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8172 0 0 971 9143
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0228274
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0721.98111079
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.125980
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.96925.746402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.683151727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.7581545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.025985
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1990.24366
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2940.25737
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1960.2800
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2390.298
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8261.55166
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.32627952
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.14433581
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.224.53127
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.951 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 451 -
Rwork0.252 9257 -
obs--98.28 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.33080.1193-0.12091.43650.32620.79450.0673-0.0753-0.02720.2665-0.0716-0.0910.00090.17120.00430.014-0.0498-0.07250.0148-0.0016-0.084375.2773.24549.341
20.31520.0620.02360.430.12381.3504-0.0060.02740.0155-0.07440.0592-0.0859-0.19580.1159-0.0532-0.021-0.06410.0355-0.0243-0.0036-0.02776.06719.156.002
30.5514-0.24060.00821.35470.33330.2676-0.0205-0.0059-0.1189-0.0552-0.02290.07260.02130.0840.0434-0.0290.02830.0412-0.0347-0.0229-0.001874.08-13.944-0.18
40.16480.03760.06711.19040.66111.3750.00110.01050.0187-0.17080.0019-0.0852-0.06070.083-0.003-0.0399-0.02060.0412-0.0107-0.0185-0.05374.0333.745-2.127
50.32870.0469-0.13561.1685-0.68020.89190.0168-0.02950.0486-0.00230.0309-0.0907-0.08950.0609-0.0477-0.0075-0.07690.0212-0.0687-0.0143-0.0176.23325.40122.602
60.60430.3126-0.22720.5643-0.35551.31710.04630.0384-0.17040.07050.0167-0.10650.2040.1023-0.0630.0120.0884-0.0637-0.08370.0182-0.006273.354-25.47232.166
70.35870.1803-0.07870.64850.38871.55820.0882-0.0049-0.08660.1845-0.0718-0.12570.08530.0819-0.01640.02240.0215-0.0823-0.03590.0315-0.061972.795-13.92844.769
80.49680.2050.05750.62420.24430.4215-0.0389-0.08950.0769-0.00870.01920.0543-0.12780.15670.01970.0469-0.0818-0.054-0.0083-0.0392-0.038475.76219.65743.049
90.84350.6329-0.11971.3670.11260.0811-0.0811-0.0748-0.24780.3170.0095-0.16190.04730.09430.07160.05140.07390.0319-0.02120.00670.066973.042-23.94412.858
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA13 - 6313 - 63
2X-RAY DIFFRACTION1AA64 - 13264 - 132
3X-RAY DIFFRACTION2BB14 - 6314 - 63
4X-RAY DIFFRACTION2BB64 - 13164 - 131
5X-RAY DIFFRACTION3CC14 - 6314 - 63
6X-RAY DIFFRACTION3CC64 - 13264 - 132
7X-RAY DIFFRACTION4DD23 - 6323 - 63
8X-RAY DIFFRACTION4DD64 - 13264 - 132
9X-RAY DIFFRACTION5EE14 - 6314 - 63
10X-RAY DIFFRACTION5EE64 - 13264 - 132
11X-RAY DIFFRACTION6FF16 - 6316 - 63
12X-RAY DIFFRACTION6FF64 - 13164 - 131
13X-RAY DIFFRACTION7GG24 - 6324 - 63
14X-RAY DIFFRACTION7GG64 - 13264 - 132
15X-RAY DIFFRACTION8HH15 - 6315 - 63
16X-RAY DIFFRACTION8HH64 - 13064 - 130
17X-RAY DIFFRACTION9II23 - 6323 - 63
18X-RAY DIFFRACTION9II64 - 13364 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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