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- PDB-2anu: Crystal structure of Predicted metal-dependent phosphoesterase (P... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 2anu
タイトルCrystal structure of Predicted metal-dependent phosphoesterase (PHP family) (tm0559) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.40 A resolution
要素hypothetical protein TM0559
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / tm0559 / Predicted metal-dependent phosphoesterase (PHP family) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


5'-3' RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA exonuclease activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Polymerase/histidinol phosphatase, N-terminal / DNA polymerase alpha chain like domain / Polymerase/histidinol phosphatase-like / Metal-dependent hydrolases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Polymerase/histidinol phosphatase N-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Predicted metal-dependent phosphoesterase (PHP family) (tm0559) from THERMOTOGA MARITIMA at 2.40 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2005年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.42023年1月25日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
Remark 300BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 ...BIOMOLECULE: 1, 2 THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 6 CHAIN(S). SEE REMARK 350 FOR INFORMATION ON GENERATING THE BIOLOGICAL MOLECULE(S). THERE ARE TWO TYPES OF DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SHOWS A MIXTURE OF HEXAMER AND DODECAMER (~ 4:1 HEXAMER:DODECAMER) IN SOLUTION. THE DODECAMER IS FORMED FROM TWO STACKED HEXAMERS (SEE BIOMOLECULE 1). BIOMOLECULE 2 IS EXAMPLE OF THE HEXAMER.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
E: hypothetical protein TM0559
F: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,49945
ポリマ－182,3976
非ポリマー2,10239
水3,819212
1
A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)368,99790
ポリマ－364,79412
非ポリマー4,20378
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
2
E: hypothetical protein TM0559
F: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

E: hypothetical protein TM0559
F: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

E: hypothetical protein TM0559
F: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,49945
ポリマ－182,3976
非ポリマー2,10239
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area17590 Å2
ΔGint-1174 kcal/mol
Surface area48530 Å2
手法PISA, PQS
3
A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
E: hypothetical protein TM0559
F: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
E: hypothetical protein TM0559
F: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
E: hypothetical protein TM0559
F: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)553,496135
ポリマ－547,19118
非ポリマー6,305117
水32418
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation7_544x+1/3,y-1/3,z-1/31
crystal symmetry operation8_654-y+4/3,x-y+2/3,z-1/31
crystal symmetry operation9_554-x+y+1/3,-x+2/3,z-1/31
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area56850 Å2
ΔGint-3465 kcal/mol
Surface area139000 Å2
手法PISA
4
A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

A: hypothetical protein TM0559
B: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,49945
ポリマ－182,3976
非ポリマー2,10239
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
手法PQS
5
C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子

C: hypothetical protein TM0559
D: hypothetical protein TM0559
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,49945
ポリマ－182,3976
非ポリマー2,10239
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)111.307, 111.307, 383.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
51E
61F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: 4

Dom-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1LYSLYSAA5 - 23317 - 245
2LYSLYSBB5 - 23317 - 245
3ARGARGCC5 - 23217 - 244
4ARGARGDD5 - 23217 - 244
5ARGARGEE5 - 23217 - 244
6LYSLYSFF5 - 23317 - 245
詳細THERE ARE TWO TYPES OF DIMERS IN THE ASYMMETRIC UNIT. SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SHOWS A MIXTURE OF HEXAMER AND DODECAMER (~ 4:1 HEXAMER:DODECAMER) IN SOLUTION. THE DODECAMER IS FORMED FROM TWO STACKED HEXAMERS (SEE BIOMOLECULE 1). BIOMOLECULE 2 IS EXAMPLE OF THE HEXAMER.

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要素

#1: タンパク質
hypothetical protein TM0559 / Predicted metal-dependent phosphoesterase (PHP family)


分子量: 30399.514 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: MSB8 / 遺伝子: tm0559 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DL41 / 参照: UniProt: Q9WZ29
#2: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.54 %
結晶化温度: 277 K
手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法, nanodrop
pH: 6.5
詳細: 0.1M KH2PO4, 2.0M NaCl, 0.1M NaH2PO4, 0.1M MES , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION,SITTING DROP,NANODROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.95369
シンクロトロンSSRL BL9-220.89194, 0.97944
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2005年4月8日flat mirror
MARMOSAIC 325 mm CCD2CCD2005年3月31日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE CRYSTAL SI(111) BENT MONOCHROMATOR (HORIZONTAL FOCUSING)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATORMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953691
20.891941
30.979441
反射解像度: 2.26→29.1 Å / Num. obs: 83429 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 4.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsRsym value
2.26-2.3299.42.80.707162110.707
2.32-2.3899.52.80.5841.260210.584
2.38-2.4599.42.80.511.458300.51
2.45-2.5399.22.80.4361.656590.436
2.53-2.6199.32.80.3841.955220.384
2.61-2.799.32.80.3032.452930.303
2.7-2.899.62.80.2562.851680.256
2.8-2.9299.52.80.2163.449270.216
2.92-3.0599.32.80.175447250.175
3.05-3.299.42.80.1265.645460.126
3.2-3.3799.42.80.1026.942760.102
3.37-3.5799.12.70.085840690.085
3.57-3.8299.93.70.1274.838350.127
3.82-4.1399.95.40.144.736060.14
4.13-4.5299.85.30.0986.832710.098
4.52-5.051005.10.0927.330000.092
5.05-5.841005.40.116.126280.11
5.84-7.151005.30.1066.222240.106
7.15-10.111005.70.0610.417180.06
10.11-29.1965.50.05410.69000.054

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
SCALAデータスケーリング
PDB_EXTRACT1.601データ抽出
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.4→29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 13.655 / SU ML: 0.162 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.301 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. Missing residues - Molecule A: 1-4; 146-150; 234-243 Molecule B: 1-4; 145-152; 234-243 Molecule C: 1-4; 146-151; 233-243 Molecule D: 1- ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. Missing residues - Molecule A: 1-4; 146-150; 234-243 Molecule B: 1-4; 145-152; 234-243 Molecule C: 1-4; 146-151; 233-243 Molecule D: 1-4; 145-152; 233-243 Molecule E: 1-4; 145-149; 233-243 Molecule F: 1-4; 145-149; 234-243
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 3516 5.1 %RANDOM
Rwork0.169 ---
all0.172 ---
obs-65772 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 30.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.23 Å2-0.61 Å20 Å2
2---1.23 Å20 Å2
3---1.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10920 0 39 212 11171
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02211196
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210019
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3491.92815181
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.771323248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.16851322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.93424.314547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.499151956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1291562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.21662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022290
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.22180
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.29938
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.180.25337
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.26622
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1390.2334
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0460.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1290.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.220.2123
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.86336883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.55732698
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.18510775
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.94785140
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.222114406
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3369 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.30.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.40.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.30.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.340.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.370.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.30.5
1AMEDIUM THERMAL0.722
2BMEDIUM THERMAL0.722
3CMEDIUM THERMAL0.662
4DMEDIUM THERMAL0.722
5EMEDIUM THERMAL0.692
6FMEDIUM THERMAL1.22
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 250 -
Rwork0.209 4928 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.245-0.1126-0.04011.7315-0.2421.78190.0105-0.0757-0.03480.0448-0.0194-0.03220.06680.0850.0089-0.12430.0133-0.0123-0.1221-0.0145-0.165313.769433.767566.5991
21.83430.1265-0.42222.1451-0.10271.38740.033-0.0343-0.0865-0.01130.0337-0.27440.02560.1294-0.0666-0.1452-0.00310.0094-0.0955-0.0292-0.095833.380663.292960.8282
31.982-0.1531-0.14692.00720.25891.48420.0130.0225-0.0544-0.0154-0.00830.28430.0066-0.1133-0.0047-0.03880.01540.0072-0.0190.0534-0.095622.578726.155426.9675
41.0530.16860.28571.72920.20081.89730.00090.03680.0102-0.03820.00570.1418-0.1149-0.0833-0.0066-0.0440.02320.0402-0.03080.028-0.146832.232356.110821.6048
51.7629-0.1428-0.09811.79910.38441.44970.03290.010.0337-0.00750.01050.1019-0.0829-0.0979-0.0433-0.11980.02170.0426-0.15040.0303-0.104337.454960.4977-17.1194
62.63860.06910.43872.0930.26522.26090.0553-0.00770.05770.0217-0.04860.1084-0.0598-0.1586-0.0067-0.08750.0042-0.0003-0.04550.0404-0.049822.330328.3932-22.42
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: all

IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11AA5 - 14517 - 157
21AA151 - 233163 - 245
32BB5 - 14417 - 156
42BB153 - 233165 - 245
53CC5 - 14517 - 157
63CC152 - 232164 - 244
74DD5 - 14417 - 156
84DD153 - 232165 - 244
95EE5 - 14417 - 156
105EE150 - 232162 - 244
116FF5 - 14417 - 156
126FF150 - 233162 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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