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- PDB-2anl: X-ray crystal structure of the aspartic protease plasmepsin 4 fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2anl
タイトルX-ray crystal structure of the aspartic protease plasmepsin 4 from the malarial parasite plasmodium malariae bound to an allophenylnorstatine based inhibitor
要素plasmepsin IV
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / Plasmodium parasite / plasmepsin 4 / aspartic protease / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
KNI-764 / Chem-JE2 / Plasmepsin
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium malariae (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Clemente, J.C. / Govindasamy, L. / Madabushi, A. / Fisher, S.Z. / Moose, R.E. / Yowell, C.A. / Hidaka, K. / Kimura, T. / Hayashi, Y. / Kiso, Y. ...Clemente, J.C. / Govindasamy, L. / Madabushi, A. / Fisher, S.Z. / Moose, R.E. / Yowell, C.A. / Hidaka, K. / Kimura, T. / Hayashi, Y. / Kiso, Y. / Agbandje-McKenna, M. / Dame, J.B. / Dunn, B.M. / McKenna, R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2006
タイトル: Structure of the aspartic protease plasmepsin 4 from the malarial parasite Plasmodium malariae bound to an allophenylnorstatine-based inhibitor.
著者: Clemente, J.C. / Govindasamy, L. / Madabushi, A. / Fisher, S.Z. / Moose, R.E. / Yowell, C.A. / Hidaka, K. / Kimura, T. / Hayashi, Y. / Kiso, Y. / Agbandje-McKenna, M. / Dame, J.B. / Dunn, B.M. / McKenna, R.
履歴
登録2005年8月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年4月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.52024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 295 NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE ... NON-CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON THE MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG ATOMS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. CHAIN IDENTIFIERS GIVEN AS "?" REFER TO CHAINS FOR WHICH ATOMS ARE NOT FOUND IN THIS ENTRY. APPLIED TO TRANSFORMED TO TRANSFORM CHAIN RESIDUES CHAIN RESIDUES RMSD SSS A 1 .. 327 B 1 .. 327 ? WHERE SSS -> COLUMNS 8-10 OF MTRIX RECORDS REMARK: NULL

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: plasmepsin IV
B: plasmepsin IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4134
ポリマ－74,2622
非ポリマー1,1512
水25214
1
A: plasmepsin IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7072
ポリマ－37,1311
非ポリマー5761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: plasmepsin IV
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7072
ポリマ－37,1311
非ポリマー5761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)95.884, 112.579, 90.404
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.408904, -0.912572, -0.003283), (0.912284, -0.408861, 0.0239), (-0.023153, 0.006777, 0.999709)
ベクター: 116.80229, 12.99195, 4.22807)

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要素

#1: タンパク質 plasmepsin IV


分子量: 37130.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium malariae (マラリア病原虫)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60990
#2: 化合物 ChemComp-JE2 / (4R)-3-{(2S,3S)-2-hydroxy-3-[(3-hydroxy-2-methylbenzoyl)amino]-4-phenylbutanoyl}-5,5-dimethyl-N-(2-methylbenzyl)-1,3-thiazolidine-4-carboxamide / JE-2147 / AG1776 / KNI-764 / KNI-764


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 575.718 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H37N3O5S / 参照: KNI-764
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.55 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 15% PEG 4000 + inhibitor, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: osmic mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→25 Å / Num. obs: 14334 / % possible obs: 94 % / Rsym value: 0.104

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: homology model

解像度: 3.3→25 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
Rfree0.298 -
Rwork0.247 -
obs-14334
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5234 0 82 14 5330
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.1
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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