PDB-2amh: Crystal Structure of Maf-like Protein Tbru21784AAA from T.brucei

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2amh

タイトル

Crystal Structure of Maf-like Protein Tbru21784AAA from T.brucei

要素

septum formation protein MAF homologue, putative

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / 2 domain alpha-beta motif / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

Maf protein - #10 / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / : / :

機能・相同性情報

生物種

Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Caruthers, J. / Merritt, E. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Maf-like Protein Tbru21784AAA from T.brucei
著者: Caruthers, J. / Merritt, E. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

履歴

登録	2005年8月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2amh.cif.gz	54.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2amh.ent.gz	38 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2amh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2amh_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2amh_full_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示
XML形式データ	2amh_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	2amh_validation.cif.gz	13.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/2amh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/2amh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ex2 1exc
類似構造データ	1iit-d 1oey-4 1ffw-2 2n8j-d 3nns-d 6xlw-d 1iiw-d 1a0o-3 1ii5-d 4o1i-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Tbru021784AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: septum formation protein MAF homologue, putative

ヘテロ分子

23 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	97.068, 97.068, 48.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	septum formation protein MAF homologue, putative 分子量: 22637.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) プラスミド: pET 14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 pLysS / 参照: GenBank: 70834870
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 86 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 詳細: PEG 20K, MnSO4, NaoAc, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3		1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.1	1	0.9791
シンクロトロン	SSRL	BL1-5	2	0.9794, 0.9796, 0.9537

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2005年4月3日
ADSC QUANTUM 4	2	CCD	2005年5月15日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	ALS monochromator	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	SSRL monochromater	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9791	1
2	0.9794	1
3	0.9796	1
4	0.9537	1

Reflection

Av σ(I) over netI: 21.9 / 数: 6062 / R_merge(I) obs: 0.029 / R_sym value: 0.029 / D res high: 2.7 Å / D res low: 68.26 Å / % possible obs: 97.2 / 冗長度: 3.3 %

ID
1
2
3

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	R_sym value	Redundancy
8.54	26.82	96.9	1	0.023	0.023	3.3
6.04	8.54	100	1	0.02	0.02	3.4
4.93	6.04	100	1	0.02	0.02	3.6
4.27	4.93	100	1	0.02	0.02	3.6
3.82	4.27	100	1	0.024	0.024	3.6
3.49	3.82	100	1	0.03	0.03	3.6
3.23	3.49	100	1	0.041	0.041	3.6
3.02	3.23	100	1	0.062	0.062	3.6
2.85	3.02	97.5	1	0.07	0.07	2.9
2.7	2.85	84	1	0.084	0.084	2.4
8.54	26.82	96.9	2	0.023	0.023	3.3
6.04	8.54	100	2	0.02	0.02	3.4
4.93	6.04	100	2	0.02	0.02	3.6
4.27	4.93	100	2	0.02	0.02	3.6
3.82	4.27	100	2	0.024	0.024	3.6
3.49	3.82	100	2	0.03	0.03	3.6
3.23	3.49	100	2	0.041	0.041	3.6
3.02	3.23	100	2	0.062	0.062	3.6
2.85	3.02	97.5	2	0.07	0.07	2.9
2.7	2.85	84	2	0.084	0.084	2.4
8.54	26.82	96.9	3	0.023	0.023	3.3
6.04	8.54	100	3	0.02	0.02	3.4
4.93	6.04	100	3	0.02	0.02	3.6
4.27	4.93	100	3	0.02	0.02	3.6
3.82	4.27	100	3	0.024	0.024	3.6
3.49	3.82	100	3	0.03	0.03	3.6
3.23	3.49	100	3	0.041	0.041	3.6
3.02	3.23	100	3	0.062	0.062	3.6
2.85	3.02	97.5	3	0.07	0.07	2.9
2.7	2.85	84	3	0.084	0.084	2.4

反射

解像度: 2→18 Å / Num. obs: 15517 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.073 / R_sym value: 0.073 / Net I/σ(I): 6.5

反射シェル

解像度: 2→2.11 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 2251 / R_sym value: 0.224 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9791	3.39	-8.4
1	3 wavelength	2	0.9788	4.74	-6.49
1	3 wavelength	3	0.9537	3.53	-3.4

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	39.981	0.352	0.03	0.003	1.107
2	Se	31.983	0.231	0.178	0.264	0.87
3	Se	35.23	0.092	0.184	0.288	1.003
4	Se	36.808	0.045	0.242	0.06	0.961
5	Se	38.68	0.191	0.189	0.4	0.855

Phasing dm

FOM : 0.82 / FOM acentric: 0.83 / FOM centric: 0.77 / 反射: 6152 / Reflection acentric: 5700 / Reflection centric: 452

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.7-24.28	0.94	0.95	0.9	280	225	55
4.8-7.7	0.94	0.96	0.85	840	742	98
3.9-4.8	0.95	0.95	0.89	1061	974	87
3.4-3.9	0.91	0.91	0.86	1058	983	75
2.9-3.4	0.78	0.8	0.58	1874	1759	115
2.7-2.9	0.54	0.54	0.35	1039	1017	22

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
SOLVE	2.08	位相決定
RESOLVE	2.08	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2→18 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 3.618 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.231	771	5 %	RANDOM
R_work	0.197	-	-	-
all	0.199	-	-	-
obs	0.199	15471	99.5 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.606 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.26 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1514	0	13	86	1613

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	1546
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.071	1.967	2087
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.219	5	193
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.387	23.056	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.663	15	269
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.75	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	239
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.182	0.2	641
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.291	0.2	1062
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.118	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.249	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.124	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.695	1.5	1009
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.109	2	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.862	3	601
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.94	4.5	527

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	67	-
R_work	0.199	1075	-
all	-	1142	-
obs	-	-	99.3 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 20.465 Å / Origin y: 11.927 Å / Origin z: 6.403 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0293 Å²	-0.0216 Å²	0.0176 Å²	-	-0.0442 Å²	-0.0097 Å²	-	-	-0.046 Å²
L	1.2026 °²	-0.5243 °²	-0.5897 °²	-	1.7806 °²	1.3753 °²	-	-	1.8852 °²
S	-0.0838 Å °	0.1261 Å °	-0.1664 Å °	0.2151 Å °	-0.062 Å °	0.067 Å °	0.2255 Å °	0.0516 Å °	0.1458 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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