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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2amh | ||||||
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Title | Crystal Structure of Maf-like Protein Tbru21784AAA from T.brucei | ||||||
![]() | septum formation protein MAF homologue, putative | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / 2 domain alpha-beta motif / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP | ||||||
Function / homology | Maf protein - #10 / Maf protein / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / : / : ![]() | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Caruthers, J. / Merritt, E. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP) | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structure of Maf-like Protein Tbru21784AAA from T.brucei Authors: Caruthers, J. / Merritt, E. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP) | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDB format | ![]() | 38 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 434.3 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 434.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 10 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data | |
Other databases |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22637.734 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.5 Å3/Da / Density % sol: 50 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5 Details: PEG 20K, MnSO4, NaoAc, pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Av σ(I) over netI: 21.9 / Number: 6062 / Rmerge(I) obs: 0.029 / Rsym value: 0.029 / D res high: 2.7 Å / D res low: 68.26 Å / % possible obs: 97.2 / Redundancy: 3.3 %
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2→18 Å / Num. obs: 15517 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2.3 / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 6.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2→2.11 Å / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.224 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. measured obs: 2251 / Rsym value: 0.224 / % possible all: 99.9 |
-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.82 / FOM acentric: 0.83 / FOM centric: 0.77 / Reflection: 6152 / Reflection acentric: 5700 / Reflection centric: 452 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
|
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 25.606 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→18 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: 20.465 Å / Origin y: 11.927 Å / Origin z: 6.403 Å
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Refinement TLS group | Selection: ALL |