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万見
- PDB-2alr: ALDEHYDE REDUCTASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2alr
タイトルALDEHYDE REDUCTASE
要素ALDEHYDE REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM-BARREL
機能・相同性
機能・相同性情報


glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / glucuronate catabolic process to xylulose 5-phosphate / Formation of xylulose-5-phosphate / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / cellular aldehyde metabolic process ...glucuronate reductase / glucuronolactone reductase / glucuronolactone reductase activity / glucuronate catabolic process to xylulose 5-phosphate / Formation of xylulose-5-phosphate / alcohol dehydrogenase (NADP+) / D-glucuronate catabolic process / aldehyde catabolic process / alcohol dehydrogenase (NADP+) activity / cellular aldehyde metabolic process / cellular detoxification of aldehyde / glutathione derivative biosynthetic process / aldo-keto reductase (NADPH) activity / L-glucuronate reductase activity / D/L-glyceraldehyde reductase / Glutathione conjugation / allyl-alcohol dehydrogenase / allyl-alcohol dehydrogenase activity / L-ascorbic acid biosynthetic process / daunorubicin metabolic process / doxorubicin metabolic process / aldose reductase (NADPH) activity / glucose metabolic process / oxidoreductase activity / electron transfer activity / apical plasma membrane / extracellular space / extracellular exosome / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo/keto reductase family putative active site signature. / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aldo-keto reductase family 1 member A1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者El-Kabbani, O.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1994
タイトル: Structures of human and porcine aldehyde reductase: an enzyme implicated in diabetic complications.
著者: El-Kabbani, O. / Green, N.C. / Lin, G. / Carson, M. / Narayana, S.V. / Moore, K.M. / Flynn, T.G. / DeLucas, L.J.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1993
タイトル: Crystallization and Preliminary Structure Determination of Porcine Aldehyde Reductase from Two Crystal Forms
著者: El-Kabbani, O. / Lin, G. / Narayana, S.V.L. / Moore, K.M. / Green, N.C. / Flynn, T.G. / Delucas, L.J.
履歴
登録1994年9月6日処理サイト: BNL
置き換え1996年6月20日ID: 1ALR
改定 1.01996年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ALDEHYDE REDUCTASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4871
ポリマ－36,4871
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.600, 60.000, 66.200
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ALDEHYDE REDUCTASE / ALR1


分子量: 36486.770 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: KIDNEY / 組織: MEDULLA, CORTEX / 参照: UniProt: P14550, alcohol dehydrogenase (NADP+)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化pH: 6.2 / 詳細: pH 6.2
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 6.4 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 %ammonium salfate1drop
210 mMPIPES1drop
32 mM2-mercaptoethanol1drop
420 mMbeta-octylglucoside1drop
535 %ammonium sulfate1reservoir
650 mMPIPES1reservoir
72 mM2-mercaptoethanol1reservoir
820 mMbeta-octylglucoside1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年4月14日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 10591 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 0.98 % / Rmerge(I) obs: 0.083

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
TNT精密化
X-PLOR精密化
XENGENデータ削減
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.48→6 Å / σ(F): 4 /
Rfactor反射数
Rwork0.19 -
obs-9538
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.48→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2472 0 0 0 2472
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0060.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.13
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d17.815
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.0040.02
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0080.02
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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