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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2ald | ||||||
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タイトル | HUMAN MUSCLE ALDOLASE | ||||||
要素 | FRUCTOSE-BISPHOSPHATE ALDOLASE | ||||||
キーワード | LYASE (リアーゼ) / LYASE (ALDEHYDE) / TYPE I ALDOLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 fructose binding / 先体 / ATP biosynthetic process / fructose-bisphosphate aldolase / binding of sperm to zona pellucida / fructose-bisphosphate aldolase activity / 糖新生 / M band / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process ...fructose binding / 先体 / ATP biosynthetic process / fructose-bisphosphate aldolase / binding of sperm to zona pellucida / fructose-bisphosphate aldolase activity / 糖新生 / M band / fructose metabolic process / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / I band / 解糖系 / muscle cell cellular homeostasis / striated muscle contraction / cytoskeletal protein binding / tubulin binding / platelet alpha granule lumen / actin filament organization / glycolytic process / マイクロフィラメント / Platelet degranulation / tertiary granule lumen / actin binding / regulation of cell shape / protein homotetramerization / secretory granule lumen / ficolin-1-rich granule lumen / cadherin binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Dalby, A.R. / Littlechild, J.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1999 タイトル: Crystal structure of human muscle aldolase complexed with fructose 1,6-bisphosphate: mechanistic implications. 著者: Dalby, A. / Dauter, Z. / Littlechild, J.A. #1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1991 タイトル: Activity and Specificity of Human Aldolases 著者: Gamblin, S.J. / Davies, G.J. / Grimes, J.M. / Jackson, R.M. / Littlechild, J.A. / Watson, H.C. #2: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990 タイトル: The Crystal Structure of Human Muscle Aldolase at 3.0 A Resolution 著者: Gamblin, S.J. / Cooper, B. / Millar, J.R. / Davies, G.J. / Littlechild, J.A. / Watson, H.C. #3: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1990 タイトル: Erratum. The Crystal Structure of Human Muscle Aldolase at 3.0 A Resolution 著者: Gamblin, S.J. / Cooper, B. / Millar, J.R. / Davies, G.J. / Littlechild, J.A. / Watson, H.C. #4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1987 タイトル: Molecular Architecture of Rabbit Skeletal Muscle Aldolase at 2.7-A Resolution 著者: Sygusch, J. / Beaudry, D. / Allaire, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2ald.cif.gz | 84 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2ald.ent.gz | 63.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2ald.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/2ald ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/2ald | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39338.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: LEG TISSUE / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 器官: SKELETAL骨格 / 組織: MUSCLE骨格筋 / 参照: UniProt: P04075, fructose-bisphosphate aldolase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: pH 7.5 |
結晶化 | *PLUS 手法: unknown詳細: Millar, J.R., (1981) Phil. Trans. R. Soc. Lond. B, 293, 209. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X31 / 波長: 0.95 |
検出器 | 検出器: FILM |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→19.68 Å / Num. obs: 21561 / % possible obs: 78.7 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 31.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.06 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→20 Å / SU B: 4.78 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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原子変位パラメータ | Biso mean: 29.2 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor all: 0.172 / Rfactor obs: 0.162 / 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 19.68 Å / Rfactor Rfree: 0.258 / Rfactor Rwork: 0.162 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |