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- PDB-2ala: Crystal structure of the Semliki Forest Virus envelope protein E1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ala
タイトルCrystal structure of the Semliki Forest Virus envelope protein E1 in its monomeric conformation.
要素Structural polyprotein (P130)
キーワードVIRAL PROTEIN / Envelope glycoprotein / Membrane Fusion
機能・相同性
機能・相同性情報


togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / virion assembly / small molecule binding / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...togavirin / T=4 icosahedral viral capsid / virion assembly / small molecule binding / host cell endosome / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral translational frameshifting / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C ...Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein, domain 1 / Tick-borne Encephalitis virus Glycoprotein; domain 1 / Immunoglobulin-like - #350 / Alphavirus E2 glycoprotein, domain B / Peptidase S3, togavirin / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus E3 spike glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus E2 glycoprotein, domain A / Alphavirus E2 glycoprotein, domain C / Alphavirus E2 glycoprotein / Alphavirus core protein / Alphavirus E3 glycoprotein / Alphavirus E1 glycoprotein / Alphavirus core protein (CP) domain profile. / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / Immunoglobulin E-set / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Structural polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Semliki forest virus (セムリキ森林ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Roussel, A. / Lescar, J. / Vaney, M.C. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2006
タイトル: Structure and interactions at the viral surface of the envelope protein E1 of Semliki Forest virus.
著者: Roussel, A. / Lescar, J. / Vaney, M.C. / Wengler, G. / Wengler, G. / Rey, F.A.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2001
タイトル: The fusion glycoprotein shell of Semliki Forest Virus: an icosahedral assembly primed for fusogenic activation at endosomal pH.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 2004
タイトル: Conformational change and protein-protein interactions of the fusion protein of Semliki Forest virus.
履歴
登録2005年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Structural polyprotein (P130)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6901
ポリマ－42,6901
非ポリマー00
水1,58588
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.380, 79.380, 335.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-412-

HOH

21A-430-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Structural polyprotein (P130)


分子量: 42690.125 Da / 分子数: 1 / 断片: Spike glycoprotein E1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Semliki forest virus (セムリキ森林ウイルス)
属: Alphavirus / 参照: UniProt: P03315
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.1 / 詳細: PEG 8K, pH 8.1, EVAPORATION, temperature 293K
結晶化
*PLUS
手法: batch method / 詳細: Wengler, G., (1999) Virology, 257, 472.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
120 mg/mlprotein11
21-5 %(w/v)PEG800011

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.945 Å
検出器検出器: CCD / 日付: 1998年9月29日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→39 Å / Num. all: 10666 / Num. obs: 10666 / % possible obs: 87.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 3→3.21 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 76.1
反射
*PLUS
最高解像度: 3 Å / 最低解像度: 39 Å / Num. measured all: 82854
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3 Å / % possible obs: 76.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 3→39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.873 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.809 / SU B: 52.882 / SU ML: 0.494 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.553 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 8 OF THE SOLVENT MOLECULES ADDED TO POSITIVE FOURIER DIFFERENCE PEAKS (ABOVE 3 SIGMA) ARE FURTHER THAN 3.5 ANGSTROMS AWAY FROM MACROMOLECULE. THE E1 PROTEIN IS GLYCOSYLATED at ASN 141. THE ...詳細: 8 OF THE SOLVENT MOLECULES ADDED TO POSITIVE FOURIER DIFFERENCE PEAKS (ABOVE 3 SIGMA) ARE FURTHER THAN 3.5 ANGSTROMS AWAY FROM MACROMOLECULE. THE E1 PROTEIN IS GLYCOSYLATED at ASN 141. THE DENSITY WAS NOT CLEAR ENOUGH TO BUILD A SUGAR AT THIS LOCATION THUS WATER MOLECULES 71 AND 81 WERE PLACED INTO POSITIVE DENSITY NEAR THIS RESIDUE.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31868 1232 10.4 %RANDOM
Rwork0.26654 ---
obs0.27199 10604 87.9 %-
all-13467 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 4.062 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.51 Å2-1.76 Å20 Å2
2---3.51 Å20 Å2
3---5.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2935 0 0 88 3023
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0223020
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022610
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9961.9474125
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70736121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8755383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.65224.298121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.36615466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.6361510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.023366
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1750.2697
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1580.22872
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1730.21471
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0780.21858
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1530.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0580.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1010.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2010.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1841.52457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0171.5768
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.2123129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.24631310
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.3784.5996
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.536 72 -
Rwork0.38 657 -
obs--76.1 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.93960.7149-4.03731.3447-2.679215.76420.62780.1654-0.41390.1736-0.460.0164-0.323-1.3362-0.16780.7646-0.1969-0.1680.15180.0940.1139-12.70851.653171.765
23.6044.90195.05788.6947-0.315719.6051-0.80840.15370.73790.28630.34451.9061-1.9592-2.36320.46380.91510.01820.01740.92710.04990.9273-38.09741.054217.214
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 289
2X-RAY DIFFRACTION2A290 - 384
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.318 / Rfactor Rwork: 0.266
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_deg1.028
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.061
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.537 / Rfactor Rwork: 0.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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