PDB-2ako: Crystal structure of Glutamate 5-kinase from Campylobacter jejuni

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2ako

タイトル

Crystal structure of Glutamate 5-kinase from Campylobacter jejuni

要素

Glutamate 5-kinase

キーワード

TRANSFERASE / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamate 5-kinase / glutamate 5-kinase activity / L-proline biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Campylobacter jejuni (カンピロバクター)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Gorman, J. / Shapiro, L. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Glutamate 5-kinase from Campylobacter jejuni
著者: Gorman, J. / Shapiro, L.

履歴

登録	2005年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年2月3日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / struct_conn ...audit_author / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2ako.cif.gz	215.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2ako.ent.gz	172.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2ako.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2ako_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2ako_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	2ako_validation.xml.gz	43.3 KB	表示
CIF形式データ	2ako_validation.cif.gz	62.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/2ako ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/2ako	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4s1h-d 3k9k-d 6kgv-d 4qjg-2 3k9j-d 6tak-d 6bd0-d 4epp-1 3lkk-d 6qwn-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-T2055

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Glutamate 5-kinase

B: Glutamate 5-kinase

C: Glutamate 5-kinase

D: Glutamate 5-kinase

ヘテロ分子

114 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Glutamate 5-kinase

B: Glutamate 5-kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.1 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Glutamate 5-kinase

D: Glutamate 5-kinase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
57.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.597, 99.409, 124.547
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Glutamate 5-kinase / Gamma-glutamyl kinase / GK 分子量: 28115.740 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Campylobacter jejuni (カンピロバクター) 遺伝子: proB / プラスミド: Modified pET / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9PJ29, glutamate 5-kinase
#2: 化合物	ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP 分子量: 427.201 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₅N₅O₁₀P₂ / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 712 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 23% PEG 3350, .1M Hepes 7.5, .2M NaMalonate, Cryo 30% sucrose, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月17日
放射	モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→20 Å / Num. all: 59989 / Num. obs: 59989 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10.4
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3 % / R_merge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique all: 5524 / % possible all: 89.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 5.152 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / ESU R: 0.243 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2213	3043	5.1 %	RANDOM
R_work	0.17777	-	-	-
all	0.18005	59953	-	-
obs	0.18005	59953	95.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.856 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.62 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.85 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7570	0	135	712	8417

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	7833
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7284
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.208	1.991	10567
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.741	3	17003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.992	5	958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.842	25.415	325
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.45	15	1473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.193	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1237
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	8429
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1498
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	1541
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.169	0.2	7078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	3732
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	4430
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.169	0.2	653
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.145	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.256	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.126	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.841	1.5	6010
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.113	1.5	1986
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.014	2	7659
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.576	3	3465
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.224	4.5	2908

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.253	185	-
R_work	0.211	3444	-
obs	-	-	80.11 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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