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- PDB-2aj8: Porcine dipeptidyl peptidase IV (CD26) in complex with 7-Benzyl-1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2aj8
タイトルPorcine dipeptidyl peptidase IV (CD26) in complex with 7-Benzyl-1,3-dimethyl-8-piperazin-1-yl-3,7-dihydro-purine-2,6-dione (BDPX)
要素Dipeptidyl peptidase 4
キーワードHYDROLASE / Serine protease / dipeptidyl peptidase / oxyanion hole / substrate channeling / drug design / diabetes mellitus / flexibility
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / anchoring junction / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / endothelial cell migration / aminopeptidase activity ...Synthesis, secretion, and inactivation of Glucose-dependent Insulinotropic Polypeptide (GIP) / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / negative regulation of extracellular matrix disassembly / dipeptidyl-peptidase IV / dipeptidyl-peptidase activity / anchoring junction / lamellipodium membrane / endocytic vesicle / endothelial cell migration / aminopeptidase activity / T cell costimulation / lamellipodium / protease binding / cell adhesion / membrane raft / apical plasma membrane / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / cell surface / protein homodimerization activity / proteolysis / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Dipeptidyl peptidase 4, low complexity region / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) low complexity region / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain ...Dipeptidyl peptidase 4, low complexity region / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) low complexity region / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / 8 Propeller / Methanol Dehydrogenase; Chain A / Prolyl endopeptidase family serine active site. / Peptidase S9, serine active site / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SC3 / Dipeptidyl peptidase 4
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Engel, M. / Hoffmann, T. / Manhart, S. / Heiser, U. / Chambre, S. / Huber, R. / Demuth, H.U. / Bode, W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2006
タイトル: Rigidity and flexibility of dipeptidyl peptidase IV: crystal structures of and docking experiments with DPIV.
著者: Engel, M. / Hoffmann, T. / Manhart, S. / Heiser, U. / Chambre, S. / Huber, R. / Demuth, H.U. / Bode, W.
履歴
登録2005年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_PDB_ins_code / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,40740
ポリマ－337,7174
非ポリマー10,69036
水29,6531646
1
A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,10220
ポリマ－168,8592
非ポリマー5,24318
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11430 Å2
ΔGint14 kcal/mol
Surface area57640 Å2
手法PISA
2
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,30520
ポリマ－168,8592
非ポリマー5,44618
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11640 Å2
ΔGint12 kcal/mol
Surface area58220 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area27280 Å2
ΔGint28 kcal/mol
Surface area111640 Å2
手法PISA
4
C: Dipeptidyl peptidase 4
D: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子

A: Dipeptidyl peptidase 4
B: Dipeptidyl peptidase 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)348,40740
ポリマ－337,7174
非ポリマー10,69036
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_566x,y+1,z+11
Buried area24200 Å2
ΔGint24 kcal/mol
Surface area114720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.110, 118.960, 133.760
Angle α, β, γ (deg.)112.79, 95.74, 90.63
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Dipeptidyl peptidase 4 / DIPEPTIDYL PEPTIDASE IV / DPP IV / T-CELL ACTIVATION ANTIGEN CD26


分子量: 84429.281 Da / 分子数: 4 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: Kidney / 参照: UniProt: P22411, dipeptidyl-peptidase IV

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糖 , 3種, 24分子

#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 1658分子

#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物
ChemComp-SC3 / 7-BENZYL-1,3-DIMETHYL-8-PIPERAZIN-1-YL-3,7-DIHYDRO-PURINE-2,6-DIONE


分子量: 355.414 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H23N6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1646 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 2000, 0.1 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M TRIS/HCL PH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.05 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.05 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.07→39.45 Å / Num. obs: 212238 / % possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Χ2: 0.991
反射 シェル
解像度 (Å)% possible obs (%)Rmerge(I) obsNum. measured obsΧ2Diffraction-ID
2.07-2.0996.60.44453050.8071
2.09-2.1196.40.3952880.781
2.11-2.1296.60.34952300.7921
2.12-2.1496.50.33151470.8071
2.14-2.1696.80.29653280.8261
2.16-2.1996.80.27553050.8451
2.19-2.2196.70.25652010.8781
2.21-2.23970.24752790.8831
2.23-2.2596.80.24352820.9281
2.25-2.28970.21851780.9211
2.28-2.397.10.20652700.9021
2.3-2.3397.20.19653570.9191
2.33-2.3697.10.17752090.941
2.36-2.3997.50.16652751.0181
2.39-2.4297.40.15753760.9861
2.42-2.4597.40.14852120.9971
2.45-2.4997.40.13752731.0321
2.49-2.5397.60.12653601.0381
2.53-2.5797.50.1252471.0731
2.57-2.6197.60.11353041.1251
2.61-2.6597.70.10553001.0341
2.65-2.7980.09753301.0761
2.7-2.7597.90.08953571.1231
2.75-2.8197.90.0852471.0461
2.81-2.87980.07453761.0741
2.87-2.9498.10.06652681.0941
2.94-3.0198.10.0654091.111
3.01-3.0998.30.05552541.0241
3.09-3.1898.10.04953521.0291
3.18-3.2998.50.04753461.0591
3.29-3.498.40.04553091.0971
3.4-3.5498.50.04353871.0781
3.54-3.798.70.03953671.061
3.7-3.998.50.03953351.081
3.9-4.1498.70.03853631.0881
4.14-4.4698.70.03753731.0941
4.46-4.9198.70.03553420.9971
4.91-5.62990.03553841.0161
5.62-7.08990.03553841.0081
7.08-9998.40.03253290.941

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT1.7データ抽出
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ORV

1orv


解像度: 2.11→39.45 Å / Rfactor Rfree error: 0.002 / Data cutoff high absF: 2477356.5 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.239 9993 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs-210621 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 48.495 Å2 / ksol: 0.356 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 32.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.75 Å2-0.85 Å2-5.12 Å2
2---2.32 Å21.65 Å2
3----4.42 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.3 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.28 Å0.23 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.11→39.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数23864 0 712 1646 26222
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.361.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.092
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.12
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.992.5
Refine LS restraints NCSNCS model details: RESTRAINTS
LS精密化 シェル解像度: 2.11→2.24 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 1678 5.1 %
Rwork0.26 31362 -
all-33040 -
obs--96.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein.topprotein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.topcarbohydrate.param
X-RAY DIFFRACTION3water.topwater_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.topion.param
X-RAY DIFFRACTION5sul.topsul.param
X-RAY DIFFRACTION6SC3-2.topSC3-2.par

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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